用途：gget 以统一接口访问 20 多个基因组数据库与分析工具，覆盖基因信息查询、序列分析、蛋白结构、表达数据和疾病关联。所有模块同时支持命令行与 Python 调用，命令格式为 gget <module> [arguments] [options]，Python 为 gget.module(arguments, options)。命令行默认返回 JSON，加 -csv 返回 CSV；Python 返回 DataFrame 或字典。常用参数：-o/--out 保存结果，-q/--quiet 抑制进度，-csv 仅命令行。
主要能力：ref 获取 Ensembl 参考基因组下载链接与元数据，支持 -d 下载、-w 指定类型；search 按名称或描述搜索基因；info 从 Ensembl、UniProt、NCBI 获取基因/转录本信息，-pdb 可含 PDB 标识；seq 获取核苷酸或氨基酸序列，-t 翻译、-iso 取全部转录本。blast 执行 BLAST 核酸或蛋白比对；blat 用 UCSC BLAT 定位基因组位置；muscle 用 Muscle5 多序列比对，-s5 为 Super5 加速；diamond 做快速局部蛋白或翻译 DNA 比对。pdb 查询 RCSB PDB；alphafold 预测 3D 蛋白结构，需先 uv pip install openmm 并运行 gget setup alphafold；elm 预测真核线性模体，需 gget setup elm。archs4 查询共表达与组织表达；cellxgene 查询单细胞数据，需 gget setup cellxgene；enrichr 做富集分析，支持 pathway、ontology 等数据库快捷方式；bgee 取直系同源与表达；opentargets 取疾病、药物、可成药性等关联；cbio 搜索 cBioPortal 研究并绘制热图；cosmic 查询 COSMIC，商业使用需许可并需账号凭据。
适用场景与限制：适合快速查询与轻量分析。注意数据库持续更新可能改变结构，模块每两周自动测试并按需更新；info 支持约 1000 个 ID；部分模块需额外安装与 setup；cellxgene 基因名大小写敏感。安装建议在干净虚拟环境，推荐 uv pip install gget 或 uv pip install --upgrade gget，Python 中 import gget。