bioRxiv Search 是一个用于检索 bioRxiv 生物学预印本数据库的技能，基于 Valyu 的语义搜索 API，支持使用自然语言直接发起查询。
用途 该技能面向生物学及相关交叉学科研究场景，用于查找尚未在期刊正式发表的预印本，例如分子生物学、神经科学、基因组学、发育生物学、疾病机制、进化与发育生物学、生态与保护生物学等方向。
主要能力
- 直接用自然语言查询，无需构造复杂的 API 参数。
- 语义搜索：理解查询含义，而不仅是关键词匹配。
- 全文访问：返回完整文章正文，而非仅摘要。
- 图片链接：结果中包含论文的图和图片。
- 覆盖全面：可访问 bioRxiv 中所有生物学预印本。
使用方式 环境要求：Node.js 18+（使用内置 fetch），以及来自 https://platform.valyu.ai 的 Valyu API key（含 $10 免费额度）。 文档中的 scripts/search 命令是相对该技能安装目录的路径。运行前需先定位脚本： BIORXIV_SCRIPT=$(find ~/.claude/plugins/cache -name "search" -path "/biorxiv-search//scripts/*" -type f 2>/dev/null | head -1) 然后使用完整路径执行，例如： $BIORXIV_SCRIPT "CRISPR gene editing" 15
API key 配置流程 当搜索返回 "setup_required": true 时：向用户索取 API key（可提示在 https://platform.valyu.ai 免费获取，含 $10 额度）；用户提供后运行 scripts/search setup <api-key>；随后重试原搜索。示例：用户请求搜索 CRISPR advances → 返回 setup_required → 询问 API key → 用户提供 val_abc123... → 运行 scripts/search setup val_abc123... → 重试 scripts/search "CRISPR advances" 10 → 成功。
输出格式 返回 JSON，包含 success、type、query、result_count、results（每项包含 title、url、content、source、relevance_score、images）以及 cost 字段。
结果处理（jq 示例）
- 获取标题：scripts/search "query" 10 | jq -r '.results[].title'
- 获取 URL：scripts/search "query" 10 | jq -r '.results[].url'
- 提取完整正文：scripts/search "query" 10 | jq -r '.results[].content'
常见用例
- 分子生物学：scripts/search "protein-protein interaction networks" 50
- 神经科学：scripts/search "optogenetics in behavior studies" 20
- 基因组学：scripts/search "single cell RNA sequencing analysis" 15
- 发育生物学：scripts/search "embryonic stem cell differentiation" 25
错误处理 所有命令返回带 success 字段的 JSON；失败时为 {"success": false, "error": "Error message"}。退出码：0 表示成功，1 表示错误（查看 JSON 了解详情）。
API 端点 基础 URL：https://api.valyu.ai/v1；端点：/search；认证：X-API-Key 请求头。
架构 scripts/ 目录下包含 search（Bash 包装脚本）与 search.mjs（Node.js CLI）。直接使用 Node.js 内置 fetch() 调用 API，无外部依赖。
集成到项目 若需将 bioRxiv Search 直接集成到 AI 项目中，可使用 Valyu SDK。Python 示例： from valyu import Valyu client = Valyu(api_key="your-api-key") response = client.search(query="your search query here", included_sources=["valyu/valyu-biorxiv"], max_results=20) for result in response["results"]: print(f"Title: {result['title']}") print(f"URL: {result['url']}") print(f"Content: {result['content'][:500]}...")
TypeScript 示例：
import { Valyu } from "valyu-js";
const client = new Valyu("your-api-key");
const response = await client.search({query: "your search query here", includedSources: ["valyu/valyu-biorxiv"], maxResults: 20});
response.results.forEach((result) => {
console.log(Title: ${result.title});
console.log(URL: ${result.url});
console.log(Content: ${result.content.substring(0, 500)}...);
});
更多集成示例和 SDK 参考见 Valyu 文档。
限制 使用需要 Node.js 18+ 和 Valyu API key；搜索调用可能产生费用（示例输出中 cost 为 0.025）；关于额度消耗规则、并发限制、数据更新频率等未在资料中提供。