用途：在 workspaces/<name>/ 下创建缺失的研究 Workspace 状态，仅做初始化边界，不选择 Workflow、不执行 Unit。
输入与输出：输入为目标目录（workspaces/<name>/）及可选的显式覆盖决定。输出包括 STATUS.md、CHECKPOINTS.md、UNITS.csv、DECISIONS.md、GOAL.md、queries.md，以及 papers/、outline/、citations/、output/ 目录。
流程：先校验目标路径，拒绝仓库根目录，检查现有文件属于缺失、部分还是已完成，不从部分 Workspace 推断覆盖许可；再物化基础模板，默认 create-missing，仅在明确决定后用 --overwrite；然后验证四个核心文件存在并解析 UNITS.csv 表头，拒绝格式错误的 CSV；最后交由 pipeline-router 或 Pipeline 适配器进行 Workflow 绑定。
用法：
uv run python .codex/skills/workspace-init/scripts/run.py
--workspace workspaces/<name>
选项：--workspace <path>、--overwrite，以及 --unit-id、--inputs、--outputs、--checkpoint 等 Pipeline-runner 兼容参数。可用 --help 查看接口。
注意：已有文件默认不变，这是幂等预期行为而非失败；不要指向仓库根目录；只有在检查或修改基础模板契约时读取 assets/workspace-template/，仅在 Workflow 绑定后读取 pipelines/*.pipeline.md；若用户要求继续初始化之后的工作，使用 research-pipeline-runner。