用途
Thesis Markdown Aligner 用于在毕业论文写作的中间层做全局对齐。触发场景包括 markdown 对齐、thesis markdown align、术语统一、符号统一、指标统一、章节归并。
当各章已经初步重构，但整篇论文仍有术语漂移、指标口径不一致、章节边界混乱或像多篇 paper 拼接时，使用本工具。如果章节角色还没定，或当前只是在局部修一章，则跳过。
主要能力
- 统一主线与章节边界
- 统一术语、缩写、符号、指标
- 识别重复内容与应上移/下沉的内容
- 标记尚未闭合的证据缺口
输入与输出
输入：
- 重构后的章节 Markdown
- codex_md/question_list.md
输出：
- codex_md/00_thesis_outline.md
- codex_md/terminology_glossary.md
- codex_md/symbol_metric_table.md
- 证据缺口清单（可并入 missing_info.md 或单独文件）
使用方式
需读取：
- references/overview.md
- references/alignment_axes.md
机器可读契约：
- assets/markdown_alignment_contract.json
限制与关键规则
网络：none。
护栏：不在这里回写 tex；先收敛中间层，再进入交付层。
关键规则：如果各章还不能共享同一套术语、符号和指标口径，就不要进入 tex-writeback。