Taxonomy Builder 是一个处于路由与兼容模式下的技能，用于从一组核心论文构建分类体系。根据资料，它从 papers/core_set.csv 构建 outline/taxonomy.yml。
用途 该工具用于综述/快照类工作流的结构阶段（NO PROSE）。当出现 taxonomy、taxonomy builder、分类、主题树、taxonomy.yml 等触发词，且已有 papers/core_set.csv，需要生成可映射且读者友好的主题结构时使用。若已经有批准过且可映射的 taxonomy，则应跳过，不做无意义重构。
主要能力 输出契约保持稳定：outline/taxonomy.yml，YAML 列表，至少 2 层，每个节点有具体描述。护栏要求避免泛化占位桶。工具不联网（Network: none）。
领域包 策展的领域分类体系现在位于 assets/domain_packs/*.yaml，而不是 Python 散文。当前兼容包包括：llm_agents、gen_image、embodied_ai、rag_evaluation。
加载顺序 references/overview.md；references/taxonomy_principles.md；如果适用某个领域包，读取其 references/domain_pack_<domain>.md 和 assets/domain_packs/<domain>.yaml；否则读取 references/archetypes_generic.md；再通过 references/examples_good.md 与 references/examples_bad.md 校准命名与描述质量。
输入与输出 输入：papers/core_set.csv（必需）；可选 papers/papers_dedup.jsonl；可选 DECISIONS.md、GOAL.md、queries.md。输出：outline/taxonomy.yml。资产契约：assets/taxonomy_schema.json 为领域包/输出预期的机器可读形状；assets/domain_packs/*.yaml 为受支持领域的兼容领域包。
脚本角色 scripts/run.py 仅用于确定性帮助：永不覆盖非占位的用户分类体系；保留当前 CLI 标志与输出路径；仅当 GOAL.md / queries.md 明确匹配某领域包的检测契约时才加载该领域分类体系；对无包领域保留通用回退构建器。在兼容模式下，scripts/run.py 读取 papers/core_set.csv 作为必需语料输入；当存在 papers/papers_dedup.jsonl 时用于通用语料信号；GOAL.md 和 queries.md 是权威的领域包选择意图，语料术语共现不能覆盖它们。
显式精修标记 只有在审查了手动精修后的分类体系之后，才创建 outline/taxonomy.refined.ok。该标记仅在其比分类体系、其上游证据和生成器都新时才被承认；过期标记会被移除，并在重新生成前备份先前的分类体系。
何时手动精修 在将单元标记为 DONE 之前，如果出现以下情况则精修生成的分类体系：顶层桶感觉像关键词簇而不是章节级问题；叶子名称过于泛化（Overview、Benchmarks、Open Problems、Misc）；描述缺少范围线索或代表性论文锚点；领域检测选错了包。
快速开始 uv run python .codex/skills/taxonomy-builder/scripts/run.py --help uv run python .codex/skills/taxonomy-builder/scripts/run.py --workspace <workspace>
所有选项 --workspace <dir>；--top-k <int>；--min-freq <int>；--unit-id <id>；--inputs <a;b;...>；--outputs <a;b;...>；--checkpoint <C*>
示例 uv run python .codex/skills/taxonomy-builder/scripts/run.py --workspace <workspace>
故障排查 如果选错了领域包，在修改 Python 之前先检查 GOAL.md、queries.md 和包的检测规则。如果 outline/taxonomy.yml 已包含真实的非占位分类体系，脚本会故意返回而不覆盖它。如果没有包匹配，脚本回退到通用构建器。