用途：这是 research-hub 的基础技能，为项目建立紧凑、机器可读的工作区记忆，写在项目根目录的 .research/ 下。其他技能（project-orienter、literature-triage-matrix、paper-memory-builder）读取这些文件，而不重扫仓库。每个项目运行一次，当研究问题、数据集或实验集变化时刷新。
主要能力：读取项目现有内容并生成清单。可选输入按优先级：README.md；.research/design_brief.md（只读 frontmatter 的 project、source、gap_verdict 及第 1 节研究问题）；代码项目的 pyproject.toml、package.json、requirements.txt、renv.lock、Project.toml，以及 scripts/、notebooks/、data/、outputs/；定性项目的 notes/、drafts/、sources/、.obsidian/、文献文件；docs/；git 当前分支与最近提交。
输出：必须写 .research/project_manifest.yml；存在 scripts/ 或 notebooks/ 时写 experiment_matrix.yml；存在 data/ 时写 data_dictionary.yml；另写 run_log.md 追加一条记录，decisions.md 可为空，open_questions.md 记录发现的问题。project_manifest.yml 必填字段包括 project_name、research_area、research_question、current_stage（discovery/exploration/experiments/writing/rebuttal/submission）、last_updated（ISO 日期）。若 design_brief.md 的 frontmatter source 为 topic_dossier.gaps.yml#<id>，将该指针复制到 provenance.from_gap；不存在时整个 provenance 块省略，不写空值。
使用方式：触发语包括“Compress this project context for future agents”“Create a research manifest so future sessions don't reread everything”“Save the key project context before we continue”“Build a .research/ folder for this repo”。已存在文件时更新而非替换，保留人工编辑字段，只填空缺项，除非用户要求从零重新生成；provenance.from_gap 冲突时先询问用户。完成后向用户说明已写入的文件，并打印五行摘要。
适用场景：代码型与定性/档案型研究项目的上下文压缩与工作区初始化。
限制：不压缩源代码或生成文档字符串，不运行实验或分析结果，不撰写论文。不写 .paper/、.research/literature_matrix.md 或 .research_hub/。不虚构 schema 之外字段，不知道的字段留空（"" 或 []），不猜测研究问题、假设或主张；无明确研究问题时留空并记入 open_questions.md。URL 与具体版本兼容说明见官方资料。