clawbio-guide

用途

ClawBio 是面向 OpenClaw 的生物信息学技能库，为常见基因组学与生物学分析任务提供预置技能，包括序列比对、变异检测、差异表达、通路分析等。每个技能将最佳实践的生信流程封装为对话式智能体能力，使用户能够通过自然语言完成复杂分析。

主要能力

ClawBio 提供以下预置技能：

sequence-align：使用 BWA/Bowtie2 将读段比对到参考基因组。
variant-call：使用 GATK/BCFtools 检测 SNP 和 indel。
rna-seq：使用 STAR + DESeq2 进行差异表达分析。
chip-seq：使用 MACS2 + DiffBind 进行峰调用和差异结合分析。
metagenomics：使用 Kraken2 + Bracken 进行物种分类。
phylogenetics：使用 IQ-TREE + RAxML 构建系统发育树。
protein-structure：使用 AlphaFold/ESMFold 进行结构预测。
pathway-analysis：使用 GSEA + enrichR 进行基因集富集分析。

使用方式

安装为 OpenClaw 插件：

openclaw plugins install @clawbio/clawbio

或添加到 OpenClaw 配置中，在 openclaw.config.json 中写入：

{
  "plugins": ["@clawbio/clawbio"]
}

通过 OpenClaw 对话界面调用技能。例如 RNA-Seq 分析：

# "Analyze differential expression between treated and control
#  samples in the data/rnaseq/ directory"

ClawBio 将依次执行：质量控制（FastQC）、修剪（Trimmomatic）、比对（STAR）、定量（featureCounts）、差异表达（DESeq2）、可视化（火山图、MA 图、热图）、通路富集（GSEA）。

变异检测示例：

# "Call variants from the whole-genome sequencing data
#  in samples/ against hg38 reference"

流程包括：比对（BWA-MEM2 → 排序 BAM）、预处理（MarkDuplicates、BQSR）、变异检测（GATK HaplotypeCaller）、过滤（VQSR 或硬过滤）、注释（VEP 或 SnpEff）、报告（变异统计、质量指标）。

宏基因组示例：

# "Classify the microbial communities in my 16S/shotgun
#  sequencing data and generate taxonomic plots"

流程包括：质量过滤（fastp）、宿主去污染（Bowtie2 比对人类）、分类（Kraken2 + Bracken）、多样性分析（alpha + beta 多样性）、差异丰度（LEfSe/ANCOM）、可视化（堆叠条形图、PCoA、热图）。

配置

{
  "clawbio": {
    "reference_genomes": {
      "hg38": "/data/references/hg38/",
      "mm39": "/data/references/mm39/",
      "custom": "/data/references/custom/"
    },
    "tools": {
      "aligner": "bwa-mem2",
      "variant_caller": "gatk",
      "quantifier": "featurecounts",
      "de_method": "deseq2"
    },
    "resources": {
      "threads": 8,
      "memory_gb": 32,
      "gpu": false
    },
    "output": {
      "format": ["html_report", "csv", "plots"],
      "figures_dpi": 300
    }
  }
}

技能开发

可通过 SKILL.md 模板创建自定义生物信息学技能：

---
name: my-custom-analysis
description: "Custom bioinformatics analysis skill"
metadata:
  openclaw:
    category: "domains"
    subcategory: "biomedical"
---

# My Custom Analysis

## When to use
Describe when this analysis is appropriate.

## Pipeline Steps
1. Input validation
2. Processing step 1
3. Processing step 2
4. Output generation

## Example Usage
Show conversational examples.

适用场景

基因组学流程：标准 NGS 分析工作流。
实验室集成：为生物信息学提供自然语言接口。
教学：交互式演示分析流程。
快速原型：快速探索性生物学分析。
可重复性：标准化、有文档记录的流程。

限制

资料中未提供关于收费、价格、平台支持范围、性能效果或具体使用限制的说明，暂未提供。

技能介绍

用途

主要能力

使用方式

配置

技能开发

适用场景

限制