用途:面向生态学与演化研究,整合全球生物多样性数据库的访问、分析与可视化流程。资料列出 GBIF(物种分布记录 24 亿+)、iNaturalist(1.8 亿+)、GenBank(2.5 亿+序列)、BOLD、eBird、IUCN 红色名录(需 key)、OBIS、Catalogue of Life、TRY 植物性状(需申请)、WorldClim 气候栅格,标注均为免费。
主要能力:一是物种查询与分布记录检索,Python 用 pygbif 的 species.name_backbone 取 usageKey,再用 occurrences.search 按坐标、国家、年份、记录类型过滤;R 用 rgbif 的 name_backbone 与 occ_search,并可转 sf 对象绘图。二是物种分布建模,R 用 dismo 与 raster 获取 WorldClim 生物气候变量、生成背景点、拟合 MaxEnt、预测适宜性并用 AUC 评价。三是系统发育分析,用 ape、phytools 构建邻接树与最大似然树,用 caper 做系统发育广义最小二乘(PGLS)。四是生态数据分析,Python 计算物种丰富度、Shannon、Simpson、均匀度、Fisher's alpha;R 用 vegan 计算 alpha/beta 多样性、NMDS 排序与 PERMANOVA。五是数据规范,遵循 Darwin Core 字段(如 scientificName、decimalLatitude、basisOfRecord),并做坐标、分类、时间、重复、环境异常与采样偏差检查。
限制与未提供信息:资料未给出各数据库的具体使用条款、速率限制、注册要求、版本或更新时间,也未提供 API 密钥申请步骤、价格、性能或效果数据;部分数据库仅标注“Free (with key)”或“Request”。命令与代码需自行配置运行环境,示例结果不代表真实结论。