用途：作为研究流程第 2-4 阶段的标准操作流程，前提是论文已找到；不含文献检索（第 1 阶段，见 Search SOP）、写作规范与文档生产（见 Writing SOP）、数据分析与编码（见 Coding SOP）。
主要能力与用法： 深读阶段，用 library_search 选文，优先级为截止时间>用户请求>相关性>时效；用 library_update_paper(id, read_status: "reading") 标记，逐篇提取核心发现、方法、局限与关键引文，笔记存为 workspace_save("outputs/notes/{paper-short-title}-notes.md", content)，读完后更新为 read 并附笔记。深度分略读、聚焦、深读三档；多篇同主题可建比较矩阵并保存至 outputs/notes/comparison-{topic}.md。 综合阶段，按主题而非按论文组织发现，默认主题式加 APA 引文；草稿保存为 outputs/drafts/{topic}-{type}.md，类型含 literature-review、summary、analysis、report；用 library_export_bibtex(paper_ids: [...]) 或 format: 'ris' 生成参考文献并保存。质量门要求每条论断都可溯源、矛盾发现须明示、缺口须标注、量化数据须用原文数字。 任务阶段，生命周期为 task_create → task_link → task_note → task_complete；创建参数含标题、task_type（human/agent/mixed）、优先级与 ISO 8601 截止时间；产出文件用 task_link_file(task_id, file_path) 关联。论文评估五个维度：发表 venue、引用数（看每年引用而非总数）、方法、可复现性、相关性，评级 high/medium/low，仅高与中入库。引文核查：引用前必须 library_search 确认本地存在，缺失则先入库，绝不引用未核实论文。
限制：所有研究输出必须持久化到 workspace，不得只留在对话中；恢复工作需查 workspace_history、workspace_list、task_list 并结合 MEMORY.md；完整引文四条规则在 Writing SOP 中；命名与工具链须按上述约定执行。其他方法学与领域指导需浏览相关 Research-Plugins 子类。