用途：把扁平仓库整理为统一的模块化 5 层架构（src、tests、specs、docs、examples 各含 modules/<module>），用于代码库重构、模块归并、目录标准化与 import 路径迁移，并在过程中保留 git 历史。
主要能力：扁平结构转模块化布局；多模块归并到统一层级；迁移 import 路径；清理根目录日志、临时文件、构建产物与缓存；合并重复目录（如 agents/、coordination/、memory/）；审查并移除过期隐藏目录（如 .agent-os/、.ai/、.drcode/，保留 .claude/ 与 .git/）；迁移测试输出与原型代码；把计划文件归档到 specs/archive/。
使用方式：先执行预检，例如 git ls-files、git ls-files --others --exclude-standard、git status --ignored、find . -type d -name "skills"、find . -name "*.log"，确认跟踪状态、重复目录、运行时与配置文件、隐藏目录清单。创建目标目录用 mkdir -p src/<package>/modules 等；移动文件用 git mv 保留历史，例如 git mv src/<package>/<module> src/<package>/modules/<module>；更新 import 可用 sed 替换旧路径；补充 init.py 并运行 uv run pytest tests/ -v 验证。可按分析、按模块并行推进，目录创建与同文件 import 更新需顺序执行。
适用场景：扁平仓库模块化改造、跨层结构统一、import 迁移、隐藏目录合并、构建与测试产物清理。
限制：Python 最低 3.10，无额外依赖；需先保证 git 工作区干净并创建备份分支；合并隐藏目录前须核对跟踪文件数与重叠内容以确定权威来源；未提供自动回滚与具体业务代码语义，须人工审查冲突。