用途
本参考文档用于系统梳理 PubMed Search MCP 所提供的 46 个工具，帮助使用者按能力族与类别快速定位所需工具，并了解每个工具的用途、参数说明与使用范例。
面向对象是已经接入该 MCP 服务的用户，尤其是需要执行文献检索、引用分析、全文获取或自动化流程的研究与开发人员。
主要能力
文档按 16 个类别组织工具：
- 搜索工具（1 个）：unified_search，统一多源文献检索网关。
- 查询智能（3 个）：parse_pico、generate_search_queries、analyze_search_query，涉及 MeSH 扩展、Agent 提供的 PICO 交接与查询分析。
- 文章探索（5 个）：fetch_article_details、find_related_articles、find_citing_articles、get_article_references、get_citation_metrics。
- 全文工具（2 个）：get_fulltext、get_text_mined_terms。
- NCBI 延伸（7 个）：search_gene、get_gene_details、get_gene_literature、search_compound、get_compound_details、get_compound_literature、search_clinvar。
- 引用网络（1 个）：build_citation_tree。
- 导出工具（2 个）：prepare_export、save_literature_notes。
- Session 管理（5 个）：read_session、get_session_pmids、get_cached_article、get_session_summary、get_session_log。
- 机构订阅（5 个）：configure_institutional_access、get_institutional_link、list_resolver_presets、test_institutional_access、diagnose_institutional_access。
- 视觉搜索（1 个，实验性）：analyze_figure_for_search。
- ICD 转换（1 个）：convert_icd_mesh。
- 研究时间轴（3 个）：build_research_timeline、analyze_timeline_milestones、compare_timelines。
- 引用验证（1 个）：verify_reference_list。
- 图表擷取（1 个）：get_article_figures。
- 图片搜寻（1 个）：search_biomedical_images。
- Pipeline 管理（7 个）：manage_pipeline、save_pipeline、list_pipelines、load_pipeline、delete_pipeline、get_pipeline_history、schedule_pipeline。
使用方式
文档提出浓缩理解模型：目前对外提供 46 个工具，但建议先以 8 个能力族来理解，包括搜索、查询规划、论文探索、全文与取得、视觉与脉络、实体与术语、结果与记忆、自动化与保存。理论最小下限为 6 个 multiplexed meta-tools，实务可理解下限为 8 个能力族，建议先学能力族，再查完整工具表。
常用工作流程示例：
- 快速搜索：unified_search → fetch_article_details → prepare_export
- 系统性搜索：generate_search_queries → Boolean query → analyze_search_query → unified_search
- PICO 搜索：Agent P/I/C/O → parse_pico handoff → unified_search（template:pico）或 expanded Boolean
- 论文探索：fetch_article_details → find_related_articles + find_citing_articles + build_citation_tree
- 全文获取：get_fulltext → get_article_figures / get_text_mined_terms / get_institutional_link
工具速览
搜索工具
- unified_search：多源学术搜索的单一入口。
查询智能
- parse_pico：校验 Agent 提供的 PICO 元素，返回可执行的搜索计划。
- generate_search_queries：收集主题的搜索情报，返回给 Agent 决策的原始材料。
- analyze_search_query：分析搜索查询，不执行搜索。
文章探索
- fetch_article_details：获取一篇或多篇 PubMed 文章的详细信息。
- find_related_articles：查找与指定文章相关的文章。
- find_citing_articles：查找引用指定文章的文章。
- get_article_references：获取指定文章的参考文献。
- get_citation_metrics：从 NIH iCite 获取文章的引用指标。
全文工具
- get_fulltext：增强型多源全文检索。
- get_text_mined_terms：获取 Europe PMC 的文本挖掘注释。
NCBI 延伸
- search_gene：搜索 NCBI Gene 数据库。
- get_gene_details：按 NCBI Gene ID 获取基因详细信息。
- get_gene_literature：获取与基因关联的 PubMed 文章。
- search_compound：搜索 PubChem 化合物。
- get_compound_details：按 PubChem CID 获取化合物详细信息。
- get_compound_literature：获取与化合物关联的 PubMed 文章。
- search_clinvar：搜索 ClinVar 临床变异。
引用网络
- build_citation_tree：从单篇文章构建引用树（网络）。
导出工具
- prepare_export：将引用导出为参考文献管理器格式。
- save_literature_notes：将已搜索文章保存为引导式本地 wiki/Foam/Markdown 笔记。
Session 管理
- read_session：通过单一 facade 读取 session 数据。
- get_session_pmids：获取 session 中暂存的 PMID 列表。
- get_cached_article：从 session 缓存获取文章详情。
- get_session_summary：获取当前 session 的摘要信息。
- get_session_log：获取当前 session 的活动日志与搜索历史摘要。
机构订阅
- configure_institutional_access：配置机构的链接解析器以获取全文。
- get_institutional_link：为文章生成机构访问链接（OpenURL）。
- list_resolver_presets：列出可用的机构链接解析器预设。
- test_institutional_access：测试机构链接解析器配置。
- diagnose_institutional_access：诊断文章通过机构访问全文成功或失败的原因。
视觉搜索
- analyze_figure_for_search：分析科学图表或图像以进行文献搜索（实验性）。
ICD 转换
- convert_icd_mesh：ICD 代码与 MeSH 术语之间的双向转换。
研究时间轴
- build_research_timeline：为某主题或特定 PMID 构建研究时间轴。
- analyze_timeline_milestones：分析某研究主题的里程碑分布。
- compare_timelines：比较多个主题的研究时间轴。
引用验证
- verify_reference_list：将纯文本参考文献列表与 PubMed 证据进行验证。
图表擷取
- get_article_figures：从 PMC 开放获取文章获取结构化图表元数据（标签、说明、图片 URL）及 PDF 链接。
图片搜寻
- search_biomedical_images：在 Open-i 与 Europe PMC 中搜索生物医学图片。
Pipeline 管理
- manage_pipeline：通过单一 facade 管理已保存的 pipeline。
- save_pipeline：保存 pipeline 配置以便复用。
- list_pipelines：列出所有已保存的 pipeline 配置。
- load_pipeline：加载 pipeline 配置以供查看或编辑。
- delete_pipeline：删除已保存的 pipeline 配置及其执行历史。
- get_pipeline_history：获取已保存 pipeline 的执行历史。
- schedule_pipeline：将已保存 pipeline 排程为周期性执行。
适用场景
适用于需要系统化利用 PubMed 及相关 NCBI、Europe PMC 资源进行文献工作的场景，包括快速检索、系统性搜索、PICO 结构化检索、论文引用网络探索、全文与图表获取、机构订阅访问、引用导出与本地笔记保存、Session 内 PMID 暂存与历史管理、ICD 与 MeSH 术语互转、研究时间轴与里程碑分析、引用列表核验、生物医学图片检索，以及将上述步骤固化为可保存、加载与排程的 pipeline。
限制
文档未提供各工具的默认参数值、返回值结构、调用频率限制、所需权限或计费信息，这些暂未提供。视觉搜索工具标注为实验性。文档由 scripts/count_mcp_tools.py --update-docs 自动生成，手动修改会在下次执行时被覆盖。能力导向使用建议先看 docs/TOOLS_USAGE_GUIDE.zh-TW.md，该文档链接与内容在此来源中暂未提供。