Pipeline 持久化是 PubMed 搜尋 MCP 中的一項技能，用於將複雜的搜尋流程保存為可重複使用的 Pipeline YAML 配置。
用途
將一次成功的搜尋策略轉化為可重複執行的管道，避免每次重新描述查詢條件。支援從模板快速建立、自訂多步驟 DAG、雙層儲存、自動驗證與自動修正。觸發條件包括「把這個搜尋存起來」、「建立搜尋計畫」、「每週跑一次這個搜尋」、「保存這個 pipeline」、「列出我的管道」、「上次的搜尋可以再跑嗎」、「把剛才的搜尋轉成 search plan」等。
主要能力
6 個 MCP 工具
- save_pipeline：保存管道。參數包含 name（唯一名稱，英數加 _ -，最長 64）、config（YAML 或 JSON）、tags（逗號分隔標籤）、description（人類可讀描述）、scope（workspace、global 或 auto）。
- list_pipelines：列出管道，可按 tag 或 scope 過濾。
- load_pipeline：載入管道，可從已保存名稱或檔案路徑載入。
- delete_pipeline：刪除配置與歷史。
- get_pipeline_history：查看執行歷史，顯示日期、文章數、新增或移除文章、狀態。
- schedule_pipeline：排程，目前尚未實作，返回使用說明，建議手動執行或使用 OS 排程。
自動驗證與自動修正（21 條規則）
保存時會自動修正常見錯誤，例如 action: find 修正為 search（別名解析）、action: serach 修正為 search（模糊匹配）、缺少 step ID 時自動生成 step_1、step_2 等、重複 step ID 時自動重命名、循環依賴時自動移除問題引用。
4 個內建模板
- pico：PICO 臨床問題，參數包含 P、I、C、O，可選 sources 與 limit。自動產生 DAG：pico 分支為 search_p、search_i、search_c，再合併為 merged 與 enriched。
- comprehensive：多資料庫加 MeSH 擴展，參數包含 query、可選 sources、limit、min_year。自動產生 DAG：expand 與 search_original 合併為 merged 與 enriched。
- exploration：種子論文探索，參數包含 pmid、limit。自動產生 DAG：related、citing、refs 合併為 merged 與 enriched。
- gene_drug：基因或藥物搜尋，參數包含 term、可選 sources、limit、min_year。
10 個可用 Action
- search：文獻搜尋，參數 query、sources、limit、min_year、max_year。
- pico：Agent 提供的 PICO 交接搜尋，參數 P、I、可選 C、建議 O。
- expand：MeSH 或同義詞擴展，參數 topic。
- details：取得文章詳情，參數 pmids。
- related：相關文章，參數 pmid、limit。
- citing：引用文章，參數 pmid、limit。
- references：參考文獻，參數 pmid、limit。
- metrics：iCite 引用指標，從 inputs 取得。
- merge：合併結果，method 可為 union、intersection、rrf。
- filter：過濾結果，參數 min_year、max_year、article_types、min_citations、has_abstract。
雙層儲存模型
- Workspace scope（.pubmed-search/pipelines/）：每個專案獨立，可納入 git 追蹤，團隊共享。
- Global scope（~/.pubmed-search-mcp/pipelines/）：跨專案共用，個人偏好，通用模板。
- 解析順序：workspace 優先，global 作為後備。
使用方式
方法一：用模板保存 PICO 管道，呼叫 save_pipeline 並傳入 template: pico 與 params，再以 unified_search(pipeline="saved:名稱") 執行。
方法二：自訂 DAG，在 config 中定義 steps 陣列，每個 step 包含 id、action、params，可透過 inputs 引用前一步驟，最後設定 output 的 format、limit、ranking。
Agent 可將對話搜尋轉為 Pipeline：回顧剛才的搜尋策略，轉化為 Pipeline YAML 並呼叫 save_pipeline，下次直接以 unified_search 重複執行。
適用場景
- 臨床問題 A 對 B 的比較，推薦 pico 模板。
- 主題綜合搜尋，推薦 comprehensive 模板。
- 已知重要論文的深度探索，推薦 exploration 模板。
- 基因或藥物研究，推薦 gene_drug 模板。
- 複雜工作流，使用自訂 DAG 完全控制每個步驟。
- 週報搜尋監控，例如麻醉藥物監控。
- 系統性文獻回顧，例如 SGLT2 加心衰竭。
限制
- schedule_pipeline 排程功能尚未實作，目前僅返回使用說明。
- 管道名稱限制為英數加 _ -，最長 64 字元。
- 自動修正雖有 21 條規則，但無法保證涵蓋所有錯誤類型。
- 其餘平台、收費、價格等資訊暫未提供。