用途：MDAnalysis 是 Python 库，用于读取、写入和分析分子动力学轨迹及结构文件。适用场景包括加载 DCD、XTC、TRR、NetCDF 等轨迹，进行 RMSD/RMSF、距离/角度/二面角、氢键、溶剂可及表面积（SASA）、蛋白质二级结构、膜体系、水与离子分布分析，轨迹对齐拟合、自定义分析与格式转换。不适用于运行 MD 模拟（用 GROMACS、AMBER、NAMD）、力场计算、量子化学、蛋白质结构预测或初始结构搭建。
主要能力：通过 Universe 加载拓扑与轨迹，支持多轨迹拼接；select_atoms 提供类 VMD 语法选择原子，并支持动态更新选择；analysis.rms 提供 RMSD 与 RMSF；analysis.distances 提供距离计算；analysis.hbonds、analysis.sasa、analysis.contacts、analysis.dihedrals 等模块覆盖常见分析；Writer 可写出轨迹。
使用方式：安装可用 pip install MDAnalysis、pip install MDAnalysis[analysis] 或 conda install -c conda-forge mdanalysis；开发版为 pip install git+https://github.com/MDAnalysis/mdanalysis.git。常用导入为 import MDAnalysis as mda，from MDAnalysis.analysis import rms, align, distances。典型流程为 u = mda.Universe('topology.pdb', 'trajectory.dcd')，再用 select_atoms 选择原子并调用分析类 run() 后读取 results。单位默认埃和皮秒。官方文档：https://www.mdanalysis.org/docs/。
限制与注意事项：应逐帧流式处理，避免将整个轨迹载入内存；做 RMSD 前需先对齐；选择应缓存复用，循环内重复解析字符串会降低性能；需检查选择是否为空；注意周期性边界条件，必要时使用 PBC 感知的距离计算并 unwrap 坐标；处理大轨迹注意内存与分块。上述资料未提供更详细的功能、收费或平台信息。