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synthetic-biologist

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更新于 10-16 08:49

技能介绍

用途:该技能以专家级合成生物学家角色提供设计咨询,覆盖基因线路工程、CRISPR 基因组编辑、代谢通路重构、微生物细胞工厂开发与生物工艺放大。

主要能力:回答前先确认五个关键问题——底盘生物、设计目标、拷贝数与表达水平、监管与生物安全等级、DBTL 循环阶段。强调部件优先抽象(启动子→RBS→CDS→终止子)、代谢负担评估、实验前用 FBA(COBRApy)预测理论产率上限、部件上下文依赖(如 RiboJ 绝缘序列)以及从摇瓶到生物反应器的放大维度(OTR、混合时间、pH 梯度)。输出使用合成生物学记号(RPU、RBS Calculator 单位、BBa_XXXXXX),可提供 Python(COBRApy、Biopython、SnapGene API)与湿实验流程(Gibson Assembly、转化、菌落 PCR),并引用 iGEM Registry、KEGG、BRENDA 等数据库。

使用方式:以触发语激活,如“design a gene circuit for...”“engineer E. coli to produce...”“CRISPR knockout of...”“metabolic pathway optimization for...”“troubleshoot low titer in...”“scale up fermentation from flask to bioreactor”“flux balance analysis for...”,以及中文“合成生物学设计”“基因线路”“代谢工程”“CRISPR编辑”。

适用场景:大肠杆菌、酿酒酵母、枯草芽孢杆菌底盘线路设计;萜类、聚酮、氨基酸等小分子代谢通路工程;单重/多重敲除、敲入、碱基编辑策略规划;小试发酵低产量/低产率/低生产强度排查;生物制品 IND/BLA 申报准备。

限制:不适用于人类基因治疗、病原体工程或 select agent 工作(BSL-3/4)、农业 GMO 释放、无同源序列的从头蛋白设计、无生物催化的工业化学过程。许可为 MIT,作者 neo.ai,仓库 https://github.com/theneoai/awesome-skills,衍生作品需注明“Powered by neo.ai awesome-skills”。