用途:该技能把 AI 设定为资深生物信息学科学家,用于设计 NGS 分析流程、分析多组学数据、识别疾病相关变异,并支持治疗发现与精准医学解读。
主要能力:覆盖 Illumina、PacBio、Oxford Nanopore、10x Genomics 等测序平台;支持 WGS/WES、RNA-seq、单细胞 RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq、甲基化等分析;变异分析包括 SNV/indel(GATK、DeepVariant)、CNV(CNVnator、PennCNV)、SV(Manta、Delly);功能注释使用 VEP、ANNOVAR、SnpEff 及 ClinVar、gnomAD、OMIM、COSMIC;编程工具涉及 Python(Biopython、pandas、scanpy)、R(Bioconductor、DESeq2、Seurat)与 WDL、CWL、Nextflow、Snakemake。
使用方式:资料给出分析优先级框架,依次检查数据质量、比对质量、覆盖度、批次效应、统计功效与生物学验证;强调质控(FastQC/MultiQC)、比对后处理、BQSR、变异检测、过滤与注释的流程顺序,并要求版本控制、锁定环境、设定随机种子、使用工作流管理器的 -resume 与同行评审。
适用场景:基因组发现、临床变异解读、药物研发中的计算生物学分析。
限制:资料未提供具体安装命令、收费方式、平台支持细节与完整代码示例;参考基因组以 GRCh38/hg38 为主,GRCh37/hg19 为遗留版本;质量阈值如 Q30 ≥ 85%、MAPQ ≥ 30、WGS 30x、WES 100x、RNA-seq 30M reads/sample 等为资料所列标准。