学术论文专家（主路由）是一个面向学术论文排版与写作的综合性工具，其主入口文件同时承担主路由、Pipeline B/C 定义与排版格式规范库的职责。
一、目录结构规范 工具要求所有中间文件和生成产物严格遵守固定目录结构，禁止在项目根目录下放置任何生成文件。resources/ 目录下设 pages/（分页 PNG）、figures/（配图）、md/（提取与拆分结果，按页或按章节编号）、scripts/（可复用 Python 脚本）、compiled_paper.md（汇总 Markdown）、config.json（任务配置）、checkpoint.json（运行时进度）。outputs/ 目录存放最终 .docx 与 .bib 文件及核查点中间版本。此外还包含 ocr_kb/、docx/、pdf/、content_generation/ 等子技能目录。
二、新任务启动协议 启动前须完成四项检查：技能版本检查与自动更新（对比本地与最新版本，提示用户更新）、环境清理确认（检测旧中间文件，询问删除或保留）、源文件确认与管道选择、断点恢复检测。管道自动选择规则依据扩展名：.pdf 对应 Pipeline A（OCR 管道，进度单位为页），.doc/.docx 对应 Pipeline B（重排版管道，进度单位为章节），.md 对应 Pipeline C（MD 直转管道），没有源文件仅有项目目录时对应 Pipeline D（内容生成管道）。
三、文件完整性检查与资源准备 用户需提供草稿、格式要求（.docx 模板或 .pdf 指南）、参考文献（.bib 文件优先）。在拆分内容或提取文字前必须先完成格式规范解析：若提供 .docx 模板则用 unpack 方法提取样式定义；若指定格式名称则从排版格式规范库读取预设参数；两者都有时模板优先。资源目录不存在时自动创建，任务配置持久化到 config.json。
四、核心处理流程 Pipeline A（OCR 管道）：将 PDF 切分为单页 PNG，逐页循环提取并追加 DOCX，每 2 页核查、每 4 页悬挂，最终合并汇总。DOCX 生成使用 docx-js 创建新文档。 Pipeline B（重排版管道）：适用于已有 Word 文档需按新规范无损排版。为保留原生 OMML 公式、图表和批注，严禁使用 Markdown 中转，必须采用底层 XML 外观平移（Unpack-Edit-Pack）。步骤包括 .doc 转 .docx、解包、XML 级别样式重构（替换 styles.xml、强制排定 sectPr、重新绑定 pStyle）、原貌打包定稿。 Pipeline C（MD 直转管道）：适用于 Markdown 论文转带格式 Word。绝对禁止使用 Pandoc 一键直转。流程包括格式规范解析、章节拆分、Mermaid 架构图高清预渲染与自愈（含环境拦截器挂载、CLI 编译、容错自愈、DOM 占位替换）、逐章节转换排版（公式转 OMML、表格转三线表、图片嵌入、文本排版）、核查与上下文保护、汇总定稿。 Pipeline D（内容生成管道）：适用于无完整草稿、仅有代码或实验素材时智能生成论文初稿，逐节自回归生成后流转到 Pipeline C 排版。 所有管道通用规则：逐单元处理、每 2 单元核查、每 4 单元悬挂、needs_review 清零门禁、中间版本保留、全局编号递增。
五、参考文献管理 优先解析用户提供的 .bib 文件。若未提供，不自行编造或搜索文献，标记缺失引用并通知用户补充，最终在 outputs/references.bib 生成文件。
六、通用排版细则 涵盖模板文件使用流程、图片排版参数（等比缩放至栏宽 80%，行内居中嵌入）、表格排版参数（满栏宽，细线边框，浅蓝表头）、页眉页脚与页码、分栏排版（IEEE 双栏、APA 单栏，栏间距 360 DXA）、公式排版（行内与独立 OMML，编号靠右）。
七、排版格式规范库 内置 IEEE、APA 第7版、中国学位论文、ACM、Springer LNCS、NeurIPS、MLA 七种格式预设，以独立 .md 文件存放于 templates/ 目录。无法匹配时进入用户自定义流程，对缺失参数读取 IEEE 预设作为兜底。
八、完成后总结输出 输出结构化完成报告，包含源文件、输入类型、处理管道、格式规范、总单元数、提取公式数、裁剪配图数、表格数、核查点版本数、最终文件及遗留问题。
九、排版与环境避坑指南 包含 Markdown 嵌套加粗解析的正则剥离、Mermaid 编译器语法清洗与沙箱参数挂载、跨平台正则换行符兼容、ImageRun 组件必填项补齐、自动化更新 EBUSY 锁防护等实践规范。
十、质量保障机制 学术诚信门禁系统（反幻觉 7 模式阻断：实现漏洞伪装创新、实验数据编造、方法论漂移、引文幻觉、捷径依赖、空壳章节、重复论述），在预审和终审阶段强制触发。多视角自审评议面板包含结构、技术、语言、数据、格式五位审稿人及魔鬼辩护人，配合 0-100 分量化评分表与决策映射（≥80 通过，65-79 小修，50-64 大修，<50 退稿），魔鬼辩护人设有反谄媚机制。反泄漏与上下文腐蚀防护包含知识隔离铁律、转场强化注入、素材缺口标记协议。写作质量自检清单针对中文学术特化，含 25 个 AI 高频词警报、句式多样性检测、清嗓子开头检测、标点模式控制。修订分数轨迹追踪记录多轮评分，维度下降 ≥ 5 分时标注并说明原因。