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写作与研究

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更新于 10-16 06:39

技能介绍

Literature Review 是一个用于辅助撰写学术文献综述的工具,核心能力是通过多引擎学术数据库集成来检索文献。

用途

该技能帮助用户撰写学术文献综述,通过 Semantic Scholar(S2)、OpenAlex(OA)、Crossref(CR)和 PubMed(PM)的 API 搜索学术来源。适用于用户需要查找和整理学术文献、为综述写作准备素材的场景。

主要能力

  • 多源搜索:使用 Semantic Scholar(S2)、OpenAlex(OA)、Crossref(CR)和 PubMed(PM)查找相关学术论文。
  • 完整摘要:所有来源现在返回完整摘要(PubMed 使用 efetch 获取完整 XML 记录)。
  • DOI 提取:从所有来源提取 DOI,用于交叉引用和去重。
  • 自动去重:搜索多个来源(--source all 或 --source both)时,结果按 DOI 自动去重。
  • 礼貌访问:通过 USER_EMAIL 环境变量为 OpenAlex/Crossref 的 "Polite Pool" 自动标识邮箱。
  • 摘要重建:从 OpenAlex 倒排索引格式重建摘要。
  • 综合整理:按主题对论文分组,基于元数据起草综述章节。

使用方式

该工具通过脚本命令调用,主要工作流包括:

  1. 广泛检索(所有数据库):从主要学术数据库获取全面概览,结果按 DOI 自动去重。 命令示例:python3 scripts/lit_search.py search "impact of glycyrrhiza on bifidobacterium" --limit 5 --source all

  2. 定向检索:

    • OpenAlex(oa):快速全面,摘要质量好。
    • Semantic Scholar(s2):高质量引文数据和 TL;DR 摘要。
    • Crossref(cr):精确的基于 DOI 的元数据(无摘要)。
    • PubMed(pm):生物医学研究的金标准,提供完整摘要和 PMID。 命令示例:python3 scripts/lit_search.py search "prebiotic effects of liquorice" --source pm
  3. 比较来源:同时搜索 S2 和 OA,确保不遗漏,默认去重。 命令示例:python3 scripts/lit_search.py search "Bifidobacterium infantis growth" --source both

  4. 获取完整详情(S2):获取包括 TL;DR 摘要在内的详细元数据。 命令示例:python3 scripts/lit_search.py details "DOI:10.1016/j.foodchem.2023.136000"

  5. 撰写综述:从找到的摘要中提取关键发现;将发现组织成逻辑结构(如按时间或主题);使用"逐步思考"方法将多个来源综合成连贯叙述。

环境变量

  • USER_EMAIL:用于礼貌 API 访问的邮箱,默认 anonymous@example.org。
  • CLAWDBOT_EMAIL:USER_EMAIL 未设置时的回退值,无默认。
  • SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY:可选的 S2 API 密钥,用于提高速率限制,无默认。
  • OPENALEX_API_KEY:可选的 OpenAlex API 密钥,无默认。

输出格式

每条结果包含以下字段:

  • id:来源特定标识符(PubMed 为 PMID,OpenAlex 为 OpenAlex ID,S2 为论文 ID,Crossref 为 DOI)
  • doi:DOI(可用时,用于去重)
  • title:论文标题
  • year:出版年份
  • authors:作者姓名列表
  • abstract:完整摘要文本(可用时)
  • venue:期刊或会议名称
  • citationCount:引用次数(S2、OA)
  • source:结果来自哪个数据库

适用场景与提示

  • 引文:始终交叉核对 DOI 或 PMID,以确保参考文献准确性。
  • 过滤:关注 citationCount 较高或近年份的论文,以获得更现代的综述。
  • 医学领域:使用 --source pm 获取最可靠的生物医学文献。
  • 去重:多源搜索会自动移除重复项;如需原始计数,请使用单一来源。

限制

资料未提供该工具的收费、价格、平台兼容性、运行环境要求及具体效果等详细信息。