用途：Biopython 是一套免费提供的 Python 生物计算工具集，面向计算分子生物学任务，覆盖序列操作、文件读写、数据库访问、结构生物信息学与系统发育等。本资料以 Agent 技能形式提供，按功能域组织的参考文档，便于按任务查阅与复用代码模式。
主要能力（按子包）：序列处理 Bio.Seq、Bio.SeqIO 用于序列操作与 FASTA、GenBank、FASTQ 等格式读写与转换；比对分析 Bio.Align、Bio.AlignIO 支持全局/局部两两比对与多序列比对；数据库访问 Bio.Entrez 以编程方式检索 NCBI（PubMed、GenBank、Protein、Gene 等）；BLAST 操作 Bio.Blast 运行与解析 BLAST 结果；结构生物信息学 Bio.PDB 处理 PDB、mmCIF 三维结构；系统发育 Bio.Phylo 读写 Newick、NEXUS、phyloXML 并构建与可视化树；还有基序 Bio.motifs、群体遗传 Bio.PopGen、序列工具 Bio.SeqUtils、限制酶分析 Bio.Restriction、聚类 Bio.Cluster、基因组图 GenomeDiagram 等。
必要用法：安装命令为 uv pip install biopython（需 Python 3 与 NumPy）。使用 NCBI 数据库时须设置 Entrez.email，可选设置 Entrez.api_key 以提高速率上限。代码中显式导入模块，如 from Bio import SeqIO；解析大文件时用迭代器逐条处理，使用后关闭文件句柄或上下文管理器。资料建议先阅读对应 references/ 参考文档，可用 grep 搜索函数或示例，再按需组合多个模块。
适用场景：处理 DNA、RNA、蛋白质序列；格式读取、写入与转换；通过 Entrez 访问 NCBI 数据库；运行或解析 BLAST；序列比对；分析 PDB 蛋白结构；构建、操作与可视化系统发育树；查找序列基序；计算 GC 含量、分子量、熔解温度等统计；结构生物信息学与群体遗传数据处理。
限制：资料明确要求仅在与上述范围明确匹配时使用；输出不应替代具体环境的验证、测试或专家评审；缺少必要输入、权限、安全边界或成功标准时应停止并请求澄清。资料未提供收费、价格等信息，暂未提供。