adr-reindex 是一个重排 ADR 索引的技能。adr-index 只会新增或更新行，无法删除行，因此当 ADR 文件被删除、或某文件中的一条关系行被移除后，其对应的索引行会永久残留；由于该孤儿行没有任何边，adr-verify 也检查不到。adr-reindex 用于收尾清理这类残留。
何时使用：删除 ADR 文件或移除关系行之后；作为定期一致性核对；当 adr-verify 统计的 ADR 数量高于磁盘上实际文件数（find docs/adr -name '*.md' | wc -l）时。
用法： node plugins/ruflo-adr/scripts/reindex.mjs
可选环境变量： REINDEX_FORMAT=json：以 JSON 而非 markdown 输出。 REINDEX_DRY_RUN=1：仅报告将会发生什么，不执行清除或写入。 ADR_ROOT=/path：指定扫描根目录及底层 memory purge/memory store 子进程运行所用根目录；必须与上一次 adr-index 使用的根目录一致，否则会处理错误仓库的命名空间。
它做什么：先用 memory purge --namespace <ns> --force 硬删除 adr-patterns 与 adr-edges 中的所有行，再重新扫描磁盘上所有 ADR 并重新存储，最后重新列出 adr-patterns 并断言数量等于刚扫描的 ADR 文件数，若不满足则以非零状态退出。此流程不可逆，它会清除整个命名空间；不要在流程之外直接对 adr-patterns/adr-edges 执行 memory purge。
限制：清除仅受锁保护以防并发 purge/delete，但无法阻止其他写入者，可能复活已清除的数据，届时需重跑；跨仓库指向未在本根目录扫描过的 ADR 的 related/depends-on 边会在重建时被丢弃，除非同一次运行中也索引了兄弟仓库的 ADR。