用途:通过网络调用 NCBI Datasets v2 接口,获取组装(assembly)、基因组(genome)、分类群(taxonomy)及相关元数据,并默认返回简洁的 Markdown 摘要。
主要能力:所有 v2 调用统一通过本包内的 scripts/ncbi_datasets.py 脚本完成;REST 路径以 https://api.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/v2 为基准使用显式相对路径;支持参数 params、record_path、response_format、max_items、max_depth、timeout_sec、save_raw、raw_output_path。默认返回简要摘要,仅在用户明确要求机器可读输出时才返回原始 JSON 或文本。
用法:从标准输入读取一个 JSON 对象,必填字段为 path。示例:echo '{"path":"genome/taxon/9606/dataset_report","params":{"page_size":10},"record_path":"reports","max_items":10}' | python scripts/ncbi_datasets.py。常用路径如 genome/taxon/9606/dataset_report、genome/accession/GCF_000001405.40/dataset_report、taxonomy/taxon/9606。
限制与约定:应优先使用定向元数据路径,避免宽泛的无过滤拉取;在长对话中应重新发起请求,而非依赖旧的工具输出;工具预览中显示的 ... 属于界面截断,并非请求内容;需要完整原始响应时设置 save_raw=true 并报告保存路径。成功返回 ok、source、path 元数据以及紧凑记录、摘要或 text_head;失败返回 ok=false 及 error.code、error.message。无需额外运行时引用,保持导入包仅含本文件与 scripts/ncbi_datasets.py。