用途：在当前 Git 仓库中初始化并校验 dStack 公式源；调用该命令即表示授权 Beads 初始化。
主要流程：先运行只读计划，审查其前置条件与变更，再基于重新计算的状态应用。 "{baseDir}/../../bin/dstack" setup plan --root . --init "{baseDir}/../../bin/dstack" setup apply --root . --init --plan-digest "<plan_sha256>" 其中 <plan_sha256> 替换为审查后计划输出的摘要。计划包含一个严格的 dstack.setup-plan/v4 变更对象，应审查其各记录而非仅看展示摘要。仅当用户明确提供 --force 时，才给两条命令都追加 --force。apply 会重新计算同一对象一次，若摘要或任何来源/前置条件变化则失败关闭。使用 --force 时，apply 会先把可机械识别的旧书内容迁入 docs/src，再完成非破坏性文档基础/导航，执行剩余隔离兼容修复，最后运行严格文档校验；不要再次调用 repair。
最后按明确选择的交付模式运行一次 setup doctor（本地/直接交付用 merge，GitHub PR 交付用 pr）： "{baseDir}/../../bin/dstack" setup doctor --root . --delivery-mode merge 模式为必填，不得根据远端推断。merge 模式不要求远端、GitHub 或 gh；pr 模式额外检查可用的 GitHub 目标远端、GitHub CLI 认证与原生 Beads gh:pr 门禁能力。需报告所选模式与全部诊断。
限制与说明：需报告公式安装/校验、Beads 版本、规范 mdBook 基础创建/校验、本地交互日志策略、缺失历史功能对照、已应用的文档移动/引用重写及其他兼容修复；无法机械归位的歧义 Markdown 留给用户或代理判断。不要自动提交，应让用户在开始功能工作前审查并提交 setup 边界。常规功能命令不运行 setup doctor 或旧内容修复。其他细节暂未提供。