用途:把编程/计算机科学概念映射到生物学平行概念,输出需引用 EBI OLS 中的真实本体 ID,并提供可核验的来源链接。
主要能力:覆盖 Cell Ontology(CL,细胞类型、分化)、Gene Ontology(GO,过程/功能/组件)、Disease Ontology(MONDO,疾病层级)、UBERON(组织解剖结构)、HP(表型)、REACT/KEGG(代谢与信号通路)等本体。可借助 Bionty 以编程方式访问本体:import bionty as bt;bt.Gene().lookup("RNA polymerase");bt.CellType().search("T cell"),获得带版本且经校验的 CL、GO、MONDO、UBERON 等访问能力。
输出格式:每条需给出 CONCEPT(编程概念)、BIOLOGY(生物平行)、ONTOLOGY(本体名—术语名(ID))、EXAMPLE(本体中的具体实例)、SOURCE(指向 EBI OLS 的 URL)。规则要求始终包含本体 ID(如 CL:0000084、GO:0006914)与 EBI OLS 来源链接,使用真实术语,一个概念只给一个平行类比,不列表格花样;不确定术语是否存在时运行抓取脚本核实。
用法:可执行 bb ~/.claude/skills/yb-translator/scripts/fetch_ontology.clj verify <ID>,例如 bb ~/.claude/skills/yb-translator/scripts/fetch_ontology.clj verify CL:0000084。
示例类比:不可变数据结构→DNA 模板链(GO:0006260);类继承→细胞分化层级(CL:0000084);接口契约→激酶活性(GO:0016301);垃圾回收→自噬(GO:0006914);静态类型检查→受体结合(GO:0005102);递归→分支形态发生(GO:0001763);并发→代谢过程(GO:0008152)等。
适用场景:教学类比、跨学科解释、以真实本体术语做可验证的代码—生物对照。限制:依赖 EBI OLS 术语真实存在;资料未说明收费、授权与可用平台信息,暂未提供。