用途:作为生物技术领域专家技能,用于解答与协助基因组学数据分析、实验室信息管理系统(LIMS)、生物信息学流程、实验室自动化和生物工艺管理相关问题。
主要能力:涵盖测序技术(Illumina 短读长、PacBio 长读长、Oxford Nanopore 超长读长、10x Genomics 单细胞与 linked-read)及应用(WGS、WES、RNA-Seq、ChIP-Seq、scRNA-Seq、宏基因组);常见数据格式 FASTA/FASTQ、SAM/BAM/CRAM、VCF/BCF、GFF/GTF、BED;LIMS 的样本追踪与监管链、工作流管理、仪器集成、质控合规、库存与审计追踪;生物工艺上游(细胞株、培养基、生物反应器、fed-batch 与灌流)与下游(收获澄清、层析、过滤浓缩、制剂灌装)及 PAT、QbD。
使用方式:资料给出最佳实践,包括用 Nextflow、Snakemake、CWL 管理工作流,用 Docker、Singularity 容器化,用 FastQC、MultiQC 做质控,使用标准化参考基因组(GRCh38、mm10)并记录版本;工具与数据库链接含 GATK、BWA、SAMtools/BCFtools、Nextflow、NCBI GenBank、Ensembl、UniProt、dbSNP。详细代码示例与生物工艺监控系统材料随技能提供,按需读取。
适用场景:测序数据处理、变异分析、样本与试剂追踪、实验室自动化集成、生物工艺监控与合规文档。
限制:资料未提供具体安装命令、收费方式、平台支持与效果数据;本技能为知识型指导,实际结果取决于数据质量与流程配置。