用途：TorchDrug 是面向药物发现与分子科学的 PyTorch 机器学习工具箱，用图神经网络、预训练模型和任务定义处理分子、蛋白质和生物知识图谱。
主要能力：分子性质预测（ADMET、毒性、活性、量子化学性质、结合亲和力）；蛋白质建模（酶功能、稳定性、亚细胞定位、蛋白互作、结构预测）；知识图谱推理（药物重定位、疾病机制、基因-疾病关联、多跳推理）；分子生成（从头设计、先导优化、性质引导生成）；逆合成（反应中心识别、合成子补全、多步路线规划）。提供 40+ 数据集（BBBP、HIV、Tox21、QM9、EnzymeCommission、GeneOntology、PDBBind、Hetionet、USPTO-50k 等）和 20+ 模型（GCN、GAT、GIN、RGCN、MPNN、SchNet、GearNet、ESM、ProteinBERT、TransE、RotatE、ComplEx、GraphAutoregressiveFlow 等）。
使用方式：安装 uv pip install torchdrug，或 uv pip install torchdrug[full] 安装可选依赖。典型流程为加载数据集、定义 GNN 模型、创建 PropertyPrediction 等任务、用 PyTorch 优化器训练。可与 RDKit 互转分子、加载 AlphaFold 预测结构、用 PyTorch Lightning 封装任务。
适用场景：分子性质与 ADMET 预测、蛋白质功能与结构任务、生物医学知识图谱补全、从头分子生成、逆合成路线规划。
限制：资料未提供收费、价格、平台支持与效果数据；分子任务建议使用 scaffold 划分，生成分子需做有效性校验，大图需注意显存。