用途：Pysam 是面向 NGS 数据处理的 Python 模块，用于读取、操作和写入基因组数据集，底层封装 htslib，可处理比对、变异和序列文件，适合构建生物信息学分析流程。
主要能力：使用 AlignmentFile 读写 SAM/BAM/CRAM，按区域 fetch 读段、按质量或标记过滤、计算覆盖度与 pileup；使用 VariantFile 读写 VCF/BCF，查询区域变异、访问 INFO/FORMAT 与基因型、过滤和子集化样本；使用 FastaFile 按坐标提取参考序列，FastxFile 读取 FASTQ，并支持 tabix 索引文件（BED/GTF/GFF）。还可调用 samtools/bcftools 命令，如 pysam.samtools.sort、pysam.samtools.index、pysam.bcftools.view。
使用方式：安装命令为 uv pip install pysam。随机访问需先建索引：BAM 用 pysam.index() 生成 .bai，FASTA 用 pysam.faidx() 生成 .fai，VCF.gz 用 pysam.tabix_index() 生成 .tbi。无索引时可用 fetch(until_eof=True) 顺序读取。注意坐标系统：Pysam 用 0 基半开区间，而 fetch 的区域字符串按 samtools 约定为 1 基。
适用场景：测序比对文件分析、变异分析与注释、参考序列与基因区域提取、FASTQ 原始数据处理、覆盖度与读深计算、质控及变异检出流程。
限制：许多操作依赖索引文件；fetch 返回与区域边界重叠的读段而非完全包含者；pileup 迭代器需保持引用以避免访问错误；修改 query_sequence 后不能原地改 query_qualities；流式仅支持 stdin/stdout；线程安全尚未完全验证。官方文档见 https://pysam.readthedocs.io/。