用途：gget 是命令行与 Python 包形式的生物信息学工具，统一访问 20 多个基因组数据库与分析方法，覆盖基因信息、序列分析、蛋白结构、表达数据和疾病关联。所有模块既可作命令行工具，也可作 Python 函数调用。
主要能力：参考基因组下载（gget ref）、基因搜索（gget search）、基因/转录本信息（gget info）、序列获取（gget seq）；序列比对包括 BLAST（gget blast）、BLAT（gget blat）、多序列比对 Muscle5（gget muscle）、DIAMOND 局部比对（gget diamond）；结构分析包括 PDB 查询（gget pdb）、AlphaFold2 结构预测（gget alphafold）、真核线性基序预测（gget elm）；表达与疾病数据包括 ARCHS4（gget archs4）、CELLxGENE 单细胞数据（gget cellxgene）、Enrichr 富集分析（gget enrichr）、Bgee 同源与表达（gget bgee）、OpenTargets 疾病药物关联（gget opentargets）、cBioPortal 癌症基因组热图（gget cbio）、COSMIC 体细胞突变查询（gget cosmic）等。
使用方式：安装建议在干净虚拟环境中进行，如 uv pip install gget 或 uv pip install --upgrade gget；Python 中 import gget。命令行格式为 gget <module> [arguments] [options]，Python 为 gget.module(arguments, options)。多数模块命令行默认返回 JSON，可用 -csv 返回 CSV；Python 返回 DataFrame 或字典。通用参数包括 -o/--out 保存结果、-q/--quiet 抑制进度、-csv 输出 CSV。部分模块需先运行 gget setup alphafold、gget setup elm、gget setup cellxgene 等初始化。
适用场景：适合需要快速查询基因与蛋白信息、执行 BLAST/BLAT 比对、获取表达与疾病关联数据的研究与开发工作。
限制：gget 查询的数据库持续更新，结构可能变化，模块每两周自动测试并在必要时更新；COSMIC 商业使用需支付许可费并需账号凭据；AlphaFold 等模块需额外安装依赖并初始化；部分参数与返回字段随数据库版本变化，使用前应查阅对应模块文档。具体收费、价格与平台支持等资料暂未提供。