COBRApy 是用于代谢网络约束重建与分析（COBRA）的 Python 库，面向系统生物学与代谢工程，可对基因组尺度代谢模型做计算模拟并预测表型。
主要能力：模型管理（load_model 加载内置模型，read_sbml_model/load_json_model/load_yaml_model 读取文件，write_sbml_model/save_json_model/save_yaml_model 保存）；访问反应、代谢物、基因等组件；通量平衡分析（model.optimize、slim_optimize、pfba、geometric_fba）；通量变异分析（flux_variability_analysis，支持 fraction_of_optimum、loopless、reaction_list）；单/双基因与反应敲除（single_gene_deletion、double_gene_deletion 等，支持多进程）；培养基与最小培养基（model.medium、minimal_medium）；通量采样（sample，optgp/achr）；生产包络（production_envelope）；缺口填充（gapfill）；以及用 Model、Reaction、Metabolite 从零建模。
使用方式：通过 pip 安装后导入 cobra，加载模型并调用上述函数；临时修改可用 with model 上下文管理器，退出后自动还原。
适用场景：生长预测、必需基因筛选、培养基优化、通量不确定性分析等。
限制：求解依赖外部求解器（如 GLPK、CPLEX、Gurobi），性能与可用性受其影响；双敲除、采样等计算开销大，需并行；模型不可行或目标无界时需检查约束与边界；具体安装命令与版本要求资料未提供。