用途：处理 sn-deep-research 产出的 stitched.md，从 evidence.json 的 sources[] 收集引用元数据，将正文 [^source_id] 转为 [N] 编号引用，插入 L0/TOC，并追加参考文献。
推荐用法（sn-deep-research v2）： python3 scripts/prepare_citations.py --report <report_dir>/stitched.md --evidence <report_dir>/sub_reports/d1.evidence.json <report_dir>/sub_reports/d2.evidence.json --outline <report_dir>/outline.json --output <report_dir>/report.md
参数：--report 输入 markdown（通常为 stitched.md）；--evidence 全部 d*.evidence.json，用于收集 source 元数据并修复 claim-id 泄漏；--outline 可选但推荐，提供 L0、TOC 与标题结构；--output 输出 markdown（通常为 report.md）；--no-l0 关闭 L0 摘要层渲染；--no-toc 关闭 TOC 渲染。
主要能力与处理逻辑：按 URL 归一化去重，同 URL source 合并为同一编号；检测 [^dN.cM] claim-id 引用泄漏，可映射到 claim evidence 时替换为对应 source_id，不能映射则报告 unresolved；按首次出现顺序分配编号；替换 [^source_id] → [N]，移除脚注定义行；按 outline 插入或校准 L0/TOC；追加 ## 参考文献；写出 report.md 和同目录 citations.json；stdout 输出结构化 JSON，包含 orphan citations、claim-id leakage、TOC 和 L0 状态。
限制与控制器要求：orphan_citations 非空时不要交付，应回 writer/stitcher 修正引用或删除 unsupported 内容；claim_id_leakage.unresolved 非空时不要交付，回 writer 修正 [^dN.cM]；resolved 非空但 unresolved 为空可继续，但记作警告，writer 后续应直接输出 [^source_id]。旧兼容模式：不传 --outline / --output 时会覆写 --report 文件，仅做引用编号与参考文献追加，sn-deep-research 正常流程不使用。