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opentargets-skill

数据与分析

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更新于 10-16 07:28

技能介绍

用途:该技能用于操作 Open Targets Platform 的 GraphQL 接口,查询靶点、疾病、药物、变异、研究以及搜索相关数据,并可生成关联疾病气泡网格或疾病-数据源证据矩阵。

主要能力:所有 GraphQL 工作通过 scripts/opentargets_graphql.py 完成;当用户需要关联疾病气泡网格或疾病-数据源证据矩阵时,使用 scripts/opentargets_disease_heatmap.py。脚本支持 max_items 参数,嵌套结果建议从 max_items=3 到 5 开始。

使用方式:脚本从标准输入读取一个 JSON 对象,必填字段为 query 或 query_path,可选字段包括 variables、max_items、max_depth、timeout_sec、save_raw、raw_output_path。长 GraphQL 文档应使用 query_path,避免内联大段查询。示例:echo '{"query":"query { __typename }"}' | python scripts/opentargets_graphql.py。热图助手示例输入包含 ensembl_id、page_size、max_pages、disease_name_filter。

输出与限制:成功返回 ok、source、top_keys、紧凑摘要,save_raw=true 时返回 raw_output_path;失败返回 ok=false 及错误码,如 invalid_json、invalid_input、network_error、invalid_response、graphql_error。默认返回简洁 markdown 摘要,仅在用户明确要求机器可读输出时返回原始 JSON。应保持 GraphQL 选择集精简,谨慎分页,仅在必要时使用 schema 内省。热图中的 datasourceScores 仅表示证据来源广度与上下文,不能单独作为因果靶点归属、机制或效应方向的证明。长对话中应重新运行请求,不依赖早前工具输出;工具预览中的 ... 是界面截断,不属于真实查询。若需整体关联评分列,应先检查 GraphQL 行类型再添加候选字段。