用途：面向鸟枪法宏基因组 FASTQ，提供质控、宿主去除、物种分类与功能注释的可复现流程。
主要能力：优先使用 nf-core/taxprofiler 做可复现的物种注释；需要聚焦路径或已有数据库时，可直接调用 Kraken2/Bracken、MetaPhlAn、HUMAnN。后端运行器会校验数据库包内容，并记录 resource_plan.json、resource_manifest.tsv、resource_env.sh、resource_readiness.md；--run-bracken 与 --run-humann 会使对应数据库包成为必需项。提供宿主参考时，会加入 KneadData 宿主去除步骤，清洗后的 FASTQ 写入 host_depletion/ 并用于下游 Kraken2 与 HUMAnN。可输出 Bracken 与 HUMAnN 的原生矩阵、汇总 JSON、top 表及可视化仪表板。
使用方式：先确认双端或单端、宿主与去除需求、目标输出、数据库家族与路径、样本元数据与阴性对照。预检：python plugins/ngs-analysis/scripts/ngs_preflight.py --pipeline shotgun_metagenomics --emit-install-plan。FASTQ 质控包：python plugins/ngs-analysis/scripts/run_fastq_assay_package.py --lane shotgun_metagenomics --sample-sheet shotgun_samples.csv --execute（有本地 Kraken2 库时再加 --kraken-db /path/to/db）。后端注释：python plugins/ngs-analysis/scripts/run_shotgun_metagenomics.py --sample-sheet shotgun_samples.csv --kraken-db /db/kraken2/standard --host-reference /refs/human_kneaddata_db --run-bracken --run-humann --humann-db /db/humann --metadata sample_metadata.tsv --execute。nf-core 执行使用 plugins/ngs-analysis/scripts/run_nfcore_pipeline.py --pipeline taxprofiler。
限制：未确认大小与目标位置前不得自动下载大型数据库；宿主去除选择会影响生物学结论，需记录参考与参数；阴性对照应在质控与解读中保持可见；若缺少 Kraken2/Bracken/HUMAnN 输出，相关层会标记为 not_available，而非暗示注释成功。