用途：面向 FASTQ 质控（QC-only）、先修剪或质量解读的工作流。该技能可执行插件自带的本地 FastQ QC runner（需用户批准本地运行），并判断是否需要修剪或进一步排查，默认不盲目修剪。
必要输入：确认 FASTQ 路径与配对规则；输出为仅 QC 还是修剪后 FASTQ；已知接头或引物序列；如需污染筛查或宿主去除则提供物种；输出目录；FASTQ 是原始、已拆分、已修剪还是从归档下载；下游分析是否依赖原始读长、UMI 或 inline barcode。
默认工具：FastQC（原始读 QC）、MultiQC（项目级汇总）、fastp（可接受时一体化 QC/修剪）、Cutadapt（需显式引物/接头序列时）、seqkit（快速计数、统计与抽样）。
预检：python plugins/ngs-analysis/scripts/ngs_preflight.py --pipeline fastq_qc --emit-install-plan
本地执行：python plugins/ngs-analysis/scripts/run_fastq_qc.py --sample-sheet samplesheet.csv --execute；单配对样本用 --sample、--r1、--r2；修剪分支加 --trim-mode fastp；显式接头用 --trim-mode cutadapt 并传 --adapter-r1/--adapter-r2。runner 在 Snakemake 执行前做校验，成功后生成带时间戳目录，含 run_manifest.json、config.json、validation/、workflow/Snakefile、日志、artifact_index.json、summary.md、FastQC/MultiQC 输出与 qc_interpretation.json。
解读规则：先看原始 QC 再建议修剪；读末端质量下降可考虑质量修剪但保留足够长度；接头/引物信号在需显式序列时用 cutadapt，自动处理可接受时用 fastp；Poly-G 或 patterned-flowcell 伪影需用明确支持的工具并报告假设；过表达序列先分类为接头、引物、rRNA、PhiX、宿主污染或真实生物学；per-tile 失败或严重质量偏移应标记为可能的 run 级问题；高重复按实验类型解读；配对问题先核对 R1/R2 文件数与读名配对。不得覆盖输入 FASTQ，即使生成修剪后 FASTQ 也保留原始 QC 报告。
输出评审：返回简短 QC 解读，含样本/读对清单、正常模块、需处理或确认的模块、修剪与否的建议及理由、下游注意事项（短读、污染文库、失败配对）。使用本地 runner 时，应基于生成的 qc_interpretation.json、summary.md 与 MultiQC 报告作答。