用途：作为表观基因组学分析调度器，在确认实验类型后，把任务交给对应的深层分析技能。适用于 ATAC-seq、ChIP-seq、CUT&RUN、CUT&Tag 的 QC、比对、信号轨迹、peak calling、共识峰和差异峰等分析。
必要输入：需确认实验类型；FASTQ 或 BAM 输入；物种与基因组版本；blacklist 文件（如有）；对照样本（input DNA、IgG 或 spike-in）；生物学重复；峰类型（narrow、broad、accessibility 或协议特有）；期望输出（QC 报告、peaks、共识峰、bigWigs、差异峰）。
默认流程：ATAC-seq 默认使用 ngs-atacseq-peaks-qc，基于 nf-core/atacseq；ChIP-seq 默认使用 ngs-chip-cutrun-peaks-qc，基于 nf-core/chipseq；CUT&RUN 或 CUT&Tag 默认使用 ngs-chip-cutrun-peaks-qc，基于 nf-core/cutandrun。仅对已准备 BAM 的聚焦 peak calling 任务直接使用 MACS2。
使用方式：预检运行 python plugins/ngs-analysis/scripts/ngs_preflight.py --pipeline epigenomics_peaks --emit-install-plan；FASTQ 摄入与 QC 可用 python plugins/ngs-analysis/scripts/run_fastq_assay_package.py --lane epigenomics_peaks --sample-sheet assay_samples.csv --execute，该命令校验样本表路径与读段结构，在可用时运行 seqkit stats 与 FastQC/MultiQC，并写出 peak_calling_readiness.json。完整比对、信号轨迹、TSS/FRiP、共识峰和差异分析仍走对应实验工作流。启动示例：nextflow run nf-core/atacseq -profile test,docker --outdir results/atacseq_test；chipseq 与 cutandrun 同理替换流程名。正式分析前需在样本表中保留重复与对照元数据。
限制：资料未提供更多平台、收费或效果信息。