用途：该技能用于肿瘤-正常或仅肿瘤样本的体细胞 SNV/indel 检测，输入可为 FASTQ、BAM 或 CRAM。若为遗传性胚系检测或家系分析，应改用 ngs-dna-germline-variants。
主要能力：支持肿瘤-正常、仅肿瘤、复发-基线或多肿瘤设计；支持 WGS、WES 与 panel（需目标 BED）；可生成配对表、Mutect2 命令计划、污染与过滤产物、体细胞 QC 摘要、qc/somatic_pair_review.{tsv,json}、可视化索引及过滤后 VCF。优先使用 nf-core/sarek 端到端流程，也可用 GATK Mutect2 或 bcftools/samtools 做聚焦验证。
必要用法：需确认设计类型、检测类型与目标 BED、输入类型及是否已比对、肿瘤/正常配对表与样本标识、参考版本、known-sites、胚系资源与注释缓存、PON 与匹配正常样本可用性、肿瘤纯度、污染预期与最小等位基因分数目标、期望输出。预检命令：python plugins/ngs-analysis/scripts/ngs_preflight.py --pipeline dna_somatic_variants --emit-install-plan。本地 Mutect2 运行示例：python plugins/ngs-analysis/scripts/run_dna_somatic_variants.py --sample-sheet somatic_pairs.tsv --reference-fasta reference.fa --germline-resource af-only-gnomad.vcf.gz --panel-of-normals pon.vcf.gz --execute。nf-core 执行使用 plugins/ngs-analysis/scripts/run_nfcore_pipeline.py --pipeline sarek。直接运行器还会输出 resources/resource_plan.json、resource_manifest.tsv、resource_env.sh、resource_readiness.md；资源检查默认仅作提示，可用 --genome-build、--bundle-root <bundle>=<path>、--require-resource-plan 控制。
适用场景与限制：执行前须核对配对元数据，正常样本错配或缺失会改变结果含义；仅肿瘤分析需说明假阳性风险并配合胚系资源与过滤；PON 须与捕获试剂盒和基因组版本匹配。需跟踪污染、方向偏倚、链伪影、比对质量、覆盖度、纯度与等位基因分数过滤。胚系过滤与体细胞解读应分开，仅肿瘤结果不应直接视为确认体细胞。临床可操作性与治疗建议不在范围内，除非用户提供经过验证的临床解读流程。