用途：面向生殖系WGS、WES或遗传病panel分析，输入可为FASTQ、BAM或CRAM。若为肿瘤单样本、肿瘤-正常配对或低频分子条形码panel，应改用体细胞或UMI panel技能。
使用前需确认：数据类型（WGS/WES/panel）；样本模型（单样本、队列、双人、trio、家系或病例对照）；输入类型；物种、参考构建、FASTA、索引与contig命名；BQSR、污染检测与注释所需known-sites；WES/panel的target BED与bait BED；性别/倍性假设及线粒体与性染色体需求；期望的caller、注释输出与最终VCF/gVCF。
流程选择：完整FASTQ/BAM到VCF流程优先用nf-core/sarek；定向任务或自定义流程可直接用GATK4、DeepVariant、samtools或bcftools。预检：python plugins/ngs-analysis/scripts/ngs_preflight.py --pipeline dna_germline_variants --emit-install-plan。已备BAM/CRAM的紧凑本地检查用run_dna_variant_calling.py，仅为samtools/bcftools运行封装。更高保真的本地生殖系运行用run_dna_germline_variants.py，支持BQSR、每样本gVCF与联合基因分型，需参考匹配资源与GATK工具链，默认生成resource_plan.json、resource_manifest.tsv、resource_env.sh、resource_readiness.md等产物；可用--genome-build、--bundle-root、--require-resource-plan强制完整注册资源。
决策要点：队列或家系需确定终点是每样本VCF、gVCF还是联合调用队列VCF；WES/panel需将target BED贯穿比对指标、调用与覆盖度报告；仅在参考匹配known-sites存在时用BQSR，不得混用GRCh37、hg19、GRCh38或T2T；检查样本身份、性别一致性、污染、覆盖度、重复率、插入片段大小与转换/颠换；trio需保留系谱元数据，将孟德尔与QC检查同变异解读分开报告。
输出：命令或工作流配置与样本表；含版本与校验和的参考/资源清单；QC摘要（覆盖度、重复率、插入片段大小、污染、性别/亲缘检查）；VCF/gVCF路径、索引与注释路径；限制说明（低覆盖、known-sites缺失、target设计缺口或构建不匹配）。临床解读、致病性分类与报告签发不在范围内，除非用户提供经校验的临床工作流。