ngs-bulk-rnaseq

用途：作为批量RNA-seq分析的调度入口，把FASTQ/BAM处理路由到count生成QC，把count矩阵统计路由到差异表达分析。\n\n必要输入需确认：物种与基因组版本；FASTA和GTF或支持的nf-core genome key；双端或单端读长；链特异性或是否推断链特异性；样本表与元数据；仅counts还是差异表达；差异表达的对比、协变量和批次项。\n\n调度方式：FASTQ或已比对读长转raw counts、转录本估计或MultiQC摘要，交给 ngs-bulk-rnaseq-counts-qc；raw count矩阵加样本元数据转对比、图表和DE结果表，交给 ngs-bulk-rnaseq-differential-expression。若两者都需要，先做count生成规划，待raw count矩阵、样本元数据、重复、设计公式和对比确认后再启动差异表达。\n\n公共默认：有稳定容器或HPC运行时优先用nf-core/rnaseq标准化处理；在无Docker、registry出口或Nextflow进程容器且适合紧凑本地运行时，用local_light Snakemake/Salmon路径。\n\n本地运行示例：counts/QC运行器 python plugins/ngs-analysis/scripts/run_bulk_rnaseq_counts_qc.py --sample-sheet samplesheet.csv --fastq-root path/to/fastqs --transcriptome-fasta reference/transcriptome.fasta --genome-fasta reference/genome.fa --annotation-gtf reference/genes.gtf --execute。差异表达运行器（已有count或表达矩阵时） python plugins/ngs-analysis/scripts/run_bulk_rnaseq_de.py --count-matrix count_matrix.tsv --sample-metadata sample_metadata.tsv --contrasts contrasts.tsv --execute。\n\n预检命令：python plugins/ngs-analysis/scripts/ngs_preflight.py --pipeline bulk_rnaseq --emit-install-plan 等，可指定 bulk_rnaseq_counts_qc、bulk_rnaseq_differential_expression 或 --profile local_light。\n\n启动示例：nextflow run nf-core/rnaseq -profile test,docker --outdir results/rnaseq_test；实际运行 nextflow run nf-core/rnaseq -profile docker --input samplesheet.csv --outdir results/rnaseq --genome GRCh38 --aligner star_salmon。链特异性未知时应先推断或使用流程的检测。\n\n本地运行器生成标准run envelope，含run_manifest.json、config.json、validation/、logs/、versions/、artifact_index.json和summary.md。共享包中不要依赖仅开发用的eval harness路径。\n\n下游限制：只有确认生物学重复、设计公式和对比后才启动DESeq2/edgeR/limma分析，并保留raw count矩阵和样本元数据。