用途：面向批量 RNA-seq 的读段处理、定量与计数矩阵生成。若已有计数矩阵并要做对比或统计，应改用 ngs-bulk-rnaseq-differential-expression。
必要输入：需确认 FASTQ 或已比对读段及单双端状态；物种、基因组版本、FASTA、GTF 与基因 ID 约定；链特异性或允许推断；含生物学条件、重复、批次与文库元数据的样本表；所需定量类型（基因计数、转录本估计或两者）；比对策略（STAR/Salmon、仅 Salmon、基于 BAM 的 featureCounts 或既有实验室流程）。
路由：有稳定容器或 HPC 运行环境时优先用 nf-core/rnaseq；当 Docker、镜像仓库出口或 Nextflow 进程容器受限时，可用 local_light 的 Snakemake/Salmon 路径做小规模本地可行性运行。插件自带运行器命令为：python plugins/ngs-analysis/scripts/run_bulk_rnaseq_counts_qc.py --sample-sheet samplesheet.csv --fastq-root path/to/fastqs --transcriptome-fasta reference/transcriptome.fasta --genome-fasta reference/genome.fa --annotation-gtf reference/genes.gtf --execute。省略 --execute 仅做校验与 Snakemake 工作流校验；--no-dry-run 用于只做输入校验与运行信封准备而不校验工作流图。运行器会生成 resources/ 就绪包，含 resource_plan.json、resource_manifest.tsv、resource_env.sh、resource_readiness.md；自定义或精简参考默认仅作建议性检查，可用 --genome-build、--bundle-root <bundle>=<path>、--require-resource-plan 要求注册基因组包完整。预检命令：python plugins/ngs-analysis/scripts/ngs_preflight.py --pipeline bulk_rnaseq_counts_qc --emit-install-plan 与 python plugins/ngs-analysis/scripts/ngs_preflight.py --profile local_light --emit-install-plan。
决策点：链特异性未知时先推断再最终计数；已提供时带入定量命令并标记配置文库类型与 Salmon 推断格式的不一致；基因组 FASTA、GTF、转录组与比对索引须同一版本；检查每样本读段、比对率、rRNA/线粒体比例、重复、插入片段、基因体偏好与分配率；原始计数与标准化表达分开保存；样本元数据原样传递。
输出：样本表与命令/配置、含基因组与 GTF 版本的参考清单、MultiQC 或等效汇总、Salmon quant.sf 及 TPM/NumReads/有效长度矩阵与样本元数据、由转录本级结果导出的基因级期望计数与 TPM 矩阵及 tx2gene 溯源表、覆盖比对率/重复/文库类型一致性/离群样本的紧凑 QC 结论 JSON、浏览器可用的 MultiQC 辅助 HTML 与 localhost 启动提示、resources/ 下的参考就绪产物，以及阻断差异表达的问题（如缺重复、分组标错、严重批次或文库失败）和标准运行信封（run_manifest.json、config.json、validation/、logs/、versions/、artifact_index.json、summary.md）。
限制：资料未提供具体收费、价格、平台支持范围与性能指标；实际可用性取决于本地容器、参考数据与运行环境。