用途：当输入为 Illumina BCL 运行文件夹，或用户要求对测序运行做 demultiplexing 时使用。该技能侧重运行校验与拆分规划，而非单纯命令封装。
主要能力：校验 RunInfo.xml、可选 RunParameters.xml、BaseCalls 目录、SampleSheet 行、重复 lane/index 组合与 index 长度兼容性；规划 lane 拆分或合并、index 错配容忍度、index 读段结构与双 index 方向、UMI 布局、转换时是否做 adapter 修剪/屏蔽；转换后审阅拆分指标。
使用方式：先做预检：python plugins/ngs-analysis/scripts/ngs_preflight.py --pipeline bcl_to_fastq --emit-install-plan，并检查运行目录结构（RunInfo.xml、SampleSheet.csv、BaseCalls 目录）。本地执行使用插件自带 runner：python plugins/ngs-analysis/scripts/run_bcl_to_fastq.py --run-folder /path/to/run --sample-sheet /path/to/SampleSheet.csv --output-directory /path/to/fastq_out，仅在确认转换时加 --execute。工具优先使用已安装的 bcl-convert，其次为旧版 bcl2fastq；两者都不存在时记录阻塞，不自动下载专有软件。
指标审阅：转换后报告各 lane 的总簇数、通过过滤簇数与产量，各样本分配比例与 undetermined 比例，undetermined 高频 index 序列，各样本 FASTQ 计数与 read-pair 一致性，以及 index hopping、barcode 冲突或 sample sheet 不匹配信号。记录软件版本、命令、sample sheet 校验和、运行与输出路径。
限制：bcl-convert 为 Illumina 专有 RPM 分发软件，本地免费使用但未经用户明确同意不得自动下载；双 index 方向不得从文件名推断；严重拆分异常未呈现前不应开始下游分析。