ngs-atacseq-peaks-qc

用途：面向 ATAC-seq 可及性分析（FASTQ 或 BAM 输入），覆盖 QC、比对、TSS 富集、片段大小、黑名单、peak calling、consensus peak 与差异可及性等环节。若为 ChIP-seq、CUT&RUN、CUT&Tag 或抗体靶向富集，应改用 ngs-chip-cutrun-peaks-qc。\n\n必要输入：需确认 FASTQ/BAM 与 paired-end 状态、物种与基因组版本、blacklist 和线粒体 contig 名称、生物学重复与条件批次及样本元数据、分析目标（仅 QC、peaks、consensus peaks、bigWigs 或差异可及性）、所选流程是否处理 Tn5 偏移，以及期望的 peak caller 与下游矩阵生成方式。\n\n路由与用法：完整可复现处理优先使用 nf-core/atacseq；当 BAM 已比对、重复与黑名单处理已知且只需聚焦 peak calling 时，可直接用 MACS2。预检命令：python plugins/ngs-analysis/scripts/ngs_preflight.py --pipeline atacseq_peaks_qc --emit-install-plan。紧凑读段级 intake/QC 用共享表观基因组执行包：python plugins/ngs-analysis/scripts/run_fastq_assay_package.py --lane epigenomics_peaks --sample-sheet atac_samples.csv --execute。本地轻量比对与 peaks、FRiP、TSS、bigWig、consensus peaks 用专用 runner：python plugins/ngs-analysis/scripts/run_atacseq_peaks_qc.py --sample-sheet atac_samples.csv --bowtie2-index /refs/GRCh38/bowtie2/genome --genome-size hs --blacklist-bed /refs/GRCh38/blacklists/encode_blacklist.bed --tss-bed /refs/GRCh38/tss.bed --execute。该 runner 输出 qc/atacseq_qc_summary.{tsv,json}、qc/atacseq_qc_dashboard.html、原生 SVG FRiP/peak 与插入大小图、tracks/ 下浏览器轨道交接文件；提供 --tss-bed 时输出 TSS 谱/热图命令。需要 HOMER motif 富集时加 --run-motifs --motif-genome <genome>。它还输出 resources/resource_plan.json、resource_manifest.tsv、resource_env.sh、resource_readiness.md；本地轻量运行默认仅作建议性资源检查，加 --genome-build、--bundle-root <bundle>=<path>、--require-resource-plan 可让缺失注册参考 bundle 阻断就绪。nf-core 执行使用 plugins/ngs-analysis/scripts/run_nfcore_pipeline.py --pipeline atacseq。\n\nQC 关卡：生物学解释前需审读 read depth、比对率、重复率、线粒体比例、插入大小周期性/核小体模式、TSS 富集与 FRiP（如可得）、黑名单重叠与每样本 peak 数、重复一致性与 consensus peak 支持。重复质量或元数据不足时不应进入差异可及性。\n\n输出：样本表与流程命令/配置、QC 汇总与失败样本标记、narrowPeak/BED peak 集、consensus peaks、bigWigs、浏览器轨道清单与预览 HTML、原生 QC 仪表盘/SVG 图、TSS 图、所需时输出 peak-count 矩阵；请求 motif 后端时输出 motif 汇总文件；适用时给出差异可及性设计与对比。需注明低 TSS 富集、高线粒体 reads、弱重复一致性或差 FRiP 等告警。