用途：作为范围模糊或较宽的测序分析请求的顶层入口，把BCL、FASTQ、BAM/CRAM、count矩阵或VCF等请求路由到正确的公共NGS分析技能，并只追问缺失的、与检测类型相关的设置信息。
主要能力：先检查已有输入再提问，包括Illumina run-folder文件（RunInfo.xml、RunParameters.xml、SampleSheet.csv、Data/Intensities/BaseCalls）、FASTQ（.fastq、.fq、.fastq.gz、.fq.gz）、BAM/CRAM/VCF、count矩阵（matrix.mtx、features.tsv、barcodes.tsv、.h5、.h5ad、*.rds）以及样本表、设计文件、目标BED、参考FASTA/GTF、引物文件等元数据；读取references/intake-schema.json与references/pipeline-registry.json形成路由。
接入规则：只问选择可靠流程所需的最少问题，需明确输入类型、检测类型、期望输出、物种/参考、FASTQ是否为双端、所需设计文件或元数据，以及运行时约束（本地/HPC/云、容器可用性、是否允许安装）。人类数据在建议BaseSpace、Terra、DNAnexus等云路径前，须先询问是否允许云端上传。
路由目标：去多重/BCL转FASTQ用ngs-bcl-to-fastq；仅QC/修剪用ngs-fastq-qc；DNA变异用ngs-dna-variant-calling，并按胚系、体细胞、UMI/低频panel细分到ngs-dna-germline-variants、ngs-dna-somatic-variants、ngs-dna-umi-panel-variants；bulk RNA-seq用ngs-bulk-rnaseq、ngs-bulk-rnaseq-counts-qc、ngs-bulk-rnaseq-differential-expression；单细胞用ngs-scrna-seq、scrna-seq-qc；表观组学用ngs-epigenomics-peaks、ngs-atacseq-peaks-qc、ngs-chip-cutrun-peaks-qc；微生物用ngs-amplicon-microbiome、ngs-shotgun-metagenomics；仅运行时/包安装用ngs-runtime-env。优先公共、可运行时安装的包与nf-core工作流，使用专有或云工具前说明许可证/EULA/账户限制。
预检：安装或执行前在仓库根目录运行python plugins/ngs-analysis/scripts/ngs_preflight.py --pipeline <pipeline_key> --emit-install-plan；需要审批用安装交接时可用--manager micromamba --install-plan-outdir runtime_readiness/<pipeline_key>_install写出持久产物，install_plan.json为规范审查产物，install_commands.sh仅在用户显式以NGS_RUN_INSTALL_COMMANDS=1批准执行时才运行。参考/数据库较重的流程需先运行ngs_reference_manager.py plan --pipeline <pipeline_key> --genome-build <build> --outdir resource_readiness/<pipeline_key>；shotgun、amplicon或启用motif的表观组学在可选数据库实质影响结果时用--include-optional；仅在用户允许网络检查时用--network-checks，仅在用户明确要求安装时用--install-missing --yes。
输出契约：返回路由到的分析类型与置信度、缺失的必要参数、推荐的公共流程或包族、本地工具预检摘要、预检优先命令或下一步具体动作，以及许可证、云上传、数据库大小和参考数据方面的注意事项。
限制：资料未提供具体支持的物种、参考版本上限、性能数据或价格信息；云路径与专有工具受许可证、EULA和账户边界限制，使用前需确认。