用途：面向扩增子FASTQ的标记基因微生物组分析，需先确认标记区域（16S、18S、ITS、COI或自定义）、引物序列与方向、双端或单端、是否合并、分类数据库及版本、样本元数据以及终点（ASV表、分类、多样性、差异丰度或图）。
主要能力：默认优先使用nf-core/ampliseq做可重复的端到端运行；需要笔记本级控制或实验室协议要求时直接用QIIME2或DADA2。本地执行包可做FASTQ接收与QC，运行seqkit stats与FastQC/MultiQC，并输出amplicon_analysis_status.json、methods/amplicon_methods.json与workflow/下的交接包。后端可输出tables/asv_table.tsv、representative_sequences.fasta、taxonomy.tsv、read_retention.tsv、amplicon_backend_summary.json，以及alpha_diversity、bray_curtis_distance、top_taxa_or_features等表。可视化输出visualizations/index.html与visualization_manifest.json，有ASV表时可生成alpha多样性、Bray-Curtis PCoA、稀释曲线，有分类表时可生成taxa柱状图。
使用方式：先跑预检 python plugins/ngs-analysis/scripts/ngs_preflight.py --pipeline amplicon_microbiome --emit-install-plan；FASTQ QC用 python plugins/ngs-analysis/scripts/run_fastq_assay_package.py --lane amplicon_microbiome --sample-sheet amplicon_samples.tsv --execute；后端运行用 python plugins/ngs-analysis/scripts/run_amplicon_microbiome.py，指定--backend qiime2或dada2、引物、分类器、元数据等；nf-core用plugins/ngs-analysis/scripts/run_nfcore_pipeline.py --pipeline ampliseq，示例为nextflow run nf-core/ampliseq -profile test,docker --outdir results/ampliseq_test。
适用场景：标记基因扩增子微生物组研究。限制：仅有FASTQ不足以做完整分析，需引物、方向、分类数据库版本与元数据；未看质量分布前不得选截断长度；不得混用未记录的分类数据库版本；需保留阴性对照与提取空白；QIIME2仅BIOM导出需转换，缺少归一化表时不得声称多样性或分类解释。