用途:该技能用于向 NCBI Entrez E-Utilities 提交精简请求,支持 PubMed、Gene、Protein、Nucleotide、PMC 元数据以及 GEO 元数据等检索工作流。所有 Entrez 调用统一通过 scripts/ncbi_entrez.py 执行。
主要能力:支持显式指定 esearch、esummary、efetch、elink、einfo 等端点;检索类调用建议使用 retmax=10 与 max_items=10;GEO 嵌套在本技能下,元数据使用 db=gds 或 db=geoprofiles,仅在用户明确询问 GEO 时加载 references/geo.md。BLAST 工作流属于 ncbi-blast-skill,PMC 开放获取工作流属于 ncbi-pmc-skill,Datasets v2 工作流属于 ncbi-datasets-skill。
使用方式:从 stdin 读取一个 JSON 对象,必填字段为 endpoint,可选字段包括 params、record_path、response_format、max_items、max_depth、timeout_sec、save_raw、raw_output_path。示例:echo '{"endpoint":"esearch","params":{"db":"gene","term":"TP53[gene] AND human[orgn]","retmode":"json","retmax":10},"max_items":10}' | python scripts/ncbi_entrez.py。默认返回简洁 Markdown 摘要;仅在用户明确要求机器可读输出时返回原始 JSON 或 XML;需要完整原始响应时设置 save_raw=true 并报告保存路径。
输出与限制:成功返回 ok、source、端点元数据以及精简记录、摘要或 text_head;失败返回 ok=false 及 error.code、error.message。长对话中应重新发起请求而非依赖旧输出;工具预览中的 ... 视为 UI 截断而非请求内容。最终摘要中不得出现裸 PMID 或 DOI,PMID 需渲染为 PMID <PMID> 形式,DOI 需渲染为 <DOI>,包括表格、项目符号、括号与来源列表。优先使用定向端点调用而非宽泛无过滤的批量导出。导入包仅限本文件、references/geo.md 与 scripts/ncbi_entrez.py。