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ensembl-skill

编程与开发

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更新于 10-16 09:48

技能介绍

用途:该技能用于向 Ensembl REST API 提交紧凑的查询请求,覆盖 lookup、overlap、cross-reference(xrefs)和 variation 四类端点,适合在需要快速获得基因、区域重叠、交叉引用或变异信息的简洁摘要时使用。

主要能力:所有请求通过 scripts/rest_request.py 执行,固定使用 base_url=https://rest.ensembl.org。脚本从标准输入读取一个 JSON 对象,必填字段为 base_url 和 path,可选字段包括 method、params、headers、json_body、form_body、record_path、response_format、max_items、max_depth、timeout_sec、save_raw、raw_output_path。可设置 max_items 控制返回条目数,对象类 lookup 通常无需设置,overlap 与 xrefs 建议 max_items=10。请求头需使用 JSON 友好格式,如 Accept: application/json 和 Content-Type: application/json。

使用方式:优先采用 lookup/id/<id>、overlap/region/<species>/<region>、xrefs/id/<id>、variation/<species>/<id> 路径。例如可提交 {"base_url":"https://rest.ensembl.org","path":"lookup/id/ENSG00000141510","headers":{"Accept":"application/json","Content-Type":"application/json"}},或 overlap 路径并附 params.feature=gene 与 max_items=10。执行命令示例:echo '{"base_url":"https://rest.ensembl.org","path":"lookup/id/ENSG00000141510","headers":{"Accept":"application/json","Content-Type":"application/json"}}' | python scripts/rest_request.py。默认返回简洁的 markdown 摘要;仅当用户明确要求机器可读输出时才原样返回脚本 JSON;需要完整载荷时设置 save_raw=true 并配合 raw_output_path。

限制与注意:长对话中应重新发起请求,而不依赖较早的工具输出;工具预览中的 ... 只是界面截断,不属于真实请求内容。成功返回 ok、source、path、method、status_code、warnings 及紧凑记录或摘要;失败返回 ok=false 与 error.code、error.message。运行时应将导入包限制在本文件与 scripts/rest_request.py,无需额外运行时引用。资料未提供具体速率限制、认证要求、收费与价格、支持物种数量及端点覆盖范围等细节,暂未提供。