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encode-skill

数据与分析

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更新于 10-16 07:27

技能介绍

用途:通过脚本向 ENCODE REST API 提交紧凑请求,完成对象查询、门户式搜索和元数据获取,适合需要简洁 ENCODE 摘要的场景。

主要能力:所有 ENCODE API 调用统一使用 scripts/rest_request.py,base_url 固定为 https://www.encodeproject.org。支持对象查询(如 biosamples/<accession>/)和门户式搜索(如 search/)。默认返回简洁的 markdown 摘要;如需完整响应,可设置 save_raw=true 并报告保存路径。

使用方式:从 stdin 读取一个 JSON 对象,必填字段为 base_url、path;可选字段包括 method、params、headers、json_body、form_body、record_path、response_format、max_items、max_depth、timeout_sec、save_raw、raw_output_path。请求头需带 Accept: application/json,必要时在 params 中加 format=json。对象查询通常不需要 max_items;门户式搜索建议 limit=10 且 max_items=10。示例命令:echo '{"base_url":"https://www.encodeproject.org","path":"search/","params":{"type":"Experiment","assay_term_name":"RNA-seq","limit":10,"format":"json"},"record_path":"@graph","headers":{"Accept":"application/json"},"max_items":10}' | python scripts/rest_request.py

输出:成功返回 ok、source、path、method、status_code、warnings 以及紧凑记录或摘要;失败返回 ok=false 及 error.code、error.message。

限制:保持请求量适中,避免大规模无过滤搜索;长对话中应重新执行请求而非依赖旧输出;工具预览中的 ... 是界面截断而非请求内容。除本文件和 scripts/rest_request.py 外无需额外运行时引用。