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efo-ontology-skill

数据与分析

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更新于 10-16 03:05

技能介绍

用途:通过脚本向 EFO OLS4 API 提交精简请求,完成搜索、术语查询、子项(children)与后代(descendants)查询,适合需要简洁 EFO 术语解析或本体扩展的场景。

主要能力:所有 OLS4 与 EFO API 调用统一使用 scripts/rest_request.py,基础地址为 https://www.ebi.ac.uk/ols4/api。搜索、children、descendants 端点建议使用 max_items=10;单个术语查询通常不需要 max_items。应使用能回答问题的、最小的本体扩展范围。长对话中应重新发起请求,而不是依赖较早的工具输出。工具预览中显示的 ... 属于界面截断,不是请求内容本身。

使用方式:脚本从 stdin 读取一个 JSON 对象。必填字段为 base_url、path;可选字段包括 method、params、headers、json_body、form_body、record_path、response_format、max_items、max_depth、timeout_sec、save_raw、raw_output_path。常用路径为 search、ontologies/efo/terms/<double-encoded-iri> 以及对应的 children 或 descendants 路径。默认返回简洁的 markdown 摘要;若需要完整载荷,设置 save_raw=true 并报告保存的文件路径。示例命令:echo '{"base_url":"https://www.ebi.ac.uk/ols4/api","path":"search","params":{"q":"asthma","ontology":"efo"},"record_path":"response.docs","max_items":10}' | python scripts/rest_request.py

输出:成功时返回 ok、source、path、method、status_code、warnings,以及紧凑记录或紧凑摘要;save_raw=true 时使用 raw_output_path。失败时返回 ok=false 及 error.code 和 error.message。

限制:除本文件与 scripts/rest_request.py 外,不需要额外的运行时引用;导入包应限制在这两者之内。