用途:通过脚本向 BioStudies 和 ArrayExpress API 提交请求,支持自由文本搜索与按登录号(accession)获取研究记录。所有调用统一使用 scripts/rest_request.py,base_url 固定为 https://www.ebi.ac.uk/biostudies/api/v1。
主要能力:可访问 search、ArrayExpress/search、studies/<accession>、studies/<accession>/info 等路径;默认返回简洁的 markdown 摘要。搜索页建议 pageSize=10、max_items=10,登录号查询通常无需 max_items。若需要完整载荷,可设置 save_raw=true 并报告保存文件路径,而不是在对话中粘贴大型记录。
使用方式:从标准输入读取一个 JSON 对象。必填字段为 base_url、path;可选字段包括 method、params、headers、json_body、form_body、record_path、response_format、max_items、max_depth、timeout_sec、save_raw、raw_output_path。示例命令:echo '{"base_url":"https://www.ebi.ac.uk/biostudies/api/v1","path":"search","params":{"query":"rna","page":1,"pageSize":10},"record_path":"hits","max_items":10}' | python scripts/rest_request.py
输出与状态:成功返回 ok、source、path、method、status_code、warnings,以及紧凑记录或摘要;save_raw=true 时使用 raw_output_path。失败返回 ok=false,并包含 error.code 与 error.message。
限制与注意事项:长对话中应重新发起请求,不要依赖较早的工具输出;工具预览中显示的 ... 属于 UI 截断,并非请求内容本身。运行时引用无需额外文件,导入包仅限本文件与 scripts/rest_request.py。其余细节暂未提供。