用途:把 OmicVerse 单细胞下游教程整理为可执行清单,覆盖 AUCell 通路打分、metacell 差异表达、细胞类型与组成差异、scDrug 药敏预测、SCENIC 调控子、cNMF 程序发现、NOCD 重叠社区检测,以及 lazy 流程与报告生成。
主要能力与用法:AUCell 用 ov.single.geneset_aucell、ov.single.pathway_aucell、ov.single.pathway_aucell_enrichment 打分,需先有 X_umap 或 X_pca 嵌入;metacell DEG 用 ov.bulk.pyDEG 与 ov.single.MetaCell,需保留 adata.raw;细胞类型 DEG 用 ov.single.DEG(wilcoxon/t-test/memento-de)与 ov.single.DCT(sccoda/milo);scDrug 用 ov.single.autoResolution 与 ov.single.Drug_Response,需先下载 GDSC、CaDRReS 模型并克隆 CaDRReS-Sc;SCENIC 用 ov.single.SCENIC,需 cisTarget feather 库与 motif 注释;cNMF 用 ov.single.cNMF 的 factorize/combine/k_selection_plot/consensus;NOCD 用 ov.single.scnocd 链式方法;lazy 用 ov.single.lazy 与 ov.single.generate_scRNA_report。
限制:各模块有前置校验(如 SCENIC 需原始计数、scDrug 需 cell_type 注释);部分步骤依赖 GPU、多核 CPU、较大内存与磁盘;NOCD 教程提示仍在开发中,结果可能不稳定;具体版本、收费与平台支持资料未提供。