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cellfate-pseudotime-gene-analysis

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更新于 10-16 09:47

技能介绍

用途:在已有轨迹推断结果(如 Palantir、VIA、DPT 伪时间)之后,识别沿发育轨迹变化最显著、且驱动特定谱系的基因。

主要能力:一、基因选择,自适应阈值回归(ATR)迭代剔除低系数基因并监控 R²,找出解释伪时间的最小基因集;二、谱系打分,用 Mellon 在流形上估计密度,定位低密度转变区域,并按谱系计算变异打分,找出命运驱动基因;三、统计验证,kendalltau_filter 计算每个基因与伪时间的 Kendall's tau 及 p 值;四、可视化,plot_filtering、plot_fitting、plot_color_fitting;五、支持 ATAC 模式(atac_init、get_related_peak)与伪时间/表达噪声数据增强。

使用方式:先确保 adata.obs 中存在伪时间列并按需执行 PCA,安装 mellon(pip install mellon)。基本流程:用 ov.single.Fate(adata, pseudotime='dpt_pseudotime') 初始化,依次调用 model_init、ATR、model_fit、kendalltau_filter、low_density、lineage_score,再用 fate.filter_coef.index 与 adata.var['change_scores_lineage'] 取交集排序得到候选基因。

限制:low_density 依赖 mellon,缺失会报错;pseudotime 列名必须存在于 adata.obs,含 NaN 需先处理;ATR 后 R² 过低(<0.3)说明伪时间与表达相关性弱,可换轨迹方法或增大 stop;lineage_score 全为 0 通常因指定谱系细胞过少;显存不足时可设 CUDA_VISIBLE_DEVICES="" 强制 CPU。收费、价格与平台信息暂未提供。