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omicverse-single-cell-trajectory-inference

数据与分析

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更新于 10-16 02:38

技能介绍

用途:在已聚类、图就绪的 AnnData 上执行 OmicVerse 轨迹分析,不承担质控、HVG、PCA、聚类或嵌入生成(这些属于预处理技能)。

主要能力:通过 ov.single.TrajInfer(adata, basis, use_rep, n_comps, n_neighbors, groupby) 建立统一包装;先用 set_origin_cells 指定根,必要时用 set_terminal_cells 指定终点;再调用 inference(method='diffusion_map'|'slingshot'|'palantir')。支持 PAGA(ov.utils.cal_paga/plot_paga)、统一绘图 ov.pl.trajectory / trajectory_overlay、河流式分支图 ov.pl.branch_streamplot,以及 GAM 标记趋势栈 ov.single.dynamic_features 配 ov.pl.dynamic_trends / dynamic_heatmap。

用法要点:显式设置 basis、use_rep、groupby 与 method,不依赖笔记本状态;cal_paga 需先有邻居图与拟时序键;palantir_cal_branch 需先有 palantir_fate_probabilities;palantir_cal_gene_trends 需已有分支掩码与合适表达层。

验证:diffusion_map 检查 adata.obs['dpt_pseudotime'];slingshot 检查 adata.obs['slingshot_pseudotime'];palantir 检查 palantir_pseudotime、palantir_entropy 及 obsm['palantir_fate_probabilities'];分支后检查 obsm['branch_masks'];基因趋势后检查 varm 中 palantir_gene_trends_* 键;PAGA 后检查 uns['paga']。空轨迹叠加说明状态未写入 adata。

限制:slingshot 需额外 pcurvepy2 依赖,Palantir 趋势需 mellon;当前 Palantir 包装不暴露 run_magic_imputation(..., n_jobs=...) 覆盖;sctour 因依赖与算力不同被拆为独立技能;不要硬编码细胞类型、终点标签或标记基因;仅做有界冒烟验证时不要声称完整复现笔记本。