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omicverse-single-cell-sctour-trajectory

数据与分析

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更新于 10-16 02:38

技能介绍

用途:该技能用于在含原始 UMI 计数的单细胞 AnnData 上运行 OmicVerse 的 sctour 轨迹分支,获取 trainer 产出的伪时间、隐空间和向量场。适用于改编 OmicVerse 轨迹 notebook 中的 scTour 部分,或需要 scTour 隐空间/向量场输出的场景。

主要能力:TrajInfer.inference(method='sctour') 分派到 sctour 分支,内部调用 sct.train.Trainer(adata, loss_mode='nb', **kwargs),随后写入 adata.obs['sctour_pseudotime']、adata.obsm['X_TNODE']、adata.obsm['X_VF']。可视化复用统一轨迹接口:ov.pl.trajectory、ov.pl.trajectory_overlay、ov.pl.branch_streamplot;标记趋势用 ov.single.dynamic_features 配合 ov.pl.dynamic_trends,多基因面板用 ov.pl.dynamic_heatmap。

使用方式:确认 .X 中保留原始 UMI 计数;构造 ov.single.TrajInfer(adata, basis="X_umap", use_rep="X_pca", groupby="clusters");调用 traj.inference(method="sctour", alpha_recon_lec=0.5, alpha_recon_lode=0.5)。伪时间翻转(如 1 - pseudotime)仅在数据集生物学上合理时作为可选后处理。

适用场景:明确要求 method='sctour',或需要 scTour 隐空间/向量场输出时。

限制:sctour 依赖外部包,当前本地环境未完全可执行;未确认运行时与依赖栈前不要承诺 GPU 或全规模训练。仅需 DPT、谱系曲线或 Palantir 命运概率时应改用轨迹推断技能。预处理与聚类不并入本技能。loss_mode='nb' 为当前执行路径固定值。