用途:在已具备速率计数或 velocity-ready 层的单细胞 AnnData 上运行可复用的 RNA 速率分析,也用于把 OmicVerse 速率 notebook 转成可触发技能,以及跨 scvelo、dynamo、latentvelo、graphvelo 的方法比较。若仍需 FASTQ 到 h5ad 的生成,应先交给 kb 比对技能。
主要能力:ov.single.Velo(adata) 创建速率工作流;filter_genes 保留可用基因;preprocess 使用 Dynamo 预处理并构建基于 PCA 的邻居图;moments 与 dynamics 按 backend 分支;cal_velocity 选择速率估计器并控制输出键族;graphvelo 在已有速率层上做图速率细化并投影到 UMAP/PCA;velocity_graph 与 velocity_embedding 投影并存储速率输出;ov.pp.neighbors、ov.pp.umap、ov.pp.leiden 构建图、嵌入与聚类;ov.pl.embedding 与 ov.pl.add_streamplot 出图。
使用方式:从 velocity-ready AnnData 开始,必要时把 mature/nascent 层复制为 spliced/unspliced;先选定 recipe、backend、method 三件套,再依次运行 filter_genes、preprocess、moments、dynamics、cal_velocity,随后建图、邻居、UMAP、Leiden 与速率嵌入,最后绘图。GraphVelo 分支需在已有速率层后运行,并配合对应基因掩码。
适用场景:单细胞速率分析、方法/后端/recipe 对比 notebook、GraphVelo 细化。
限制:本技能只负责分析侧,不包含 FASTQ 下载、参考构建或 kb 计数;latentvelo 需相应模型输入与代表性 GPU 或仅导入冒烟路径;小规模合成数据可能因网格邻居数不足而失败;切换 ov.settings.mode 需硬件与依赖支持。运行后应确认 X_pca、X_umap、leiden、Ms、Mu、所选 velocity_key 及派生图/嵌入键存在。